Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung
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Ergebnisse Seite 120<br />
Abb. 36 Ergebnisse des automatischen Dockings HEL50-62 mit I-A k<br />
Gezeigt ist die Backbone Darstellung des I-A k – Moleküls mit den gedockten Peptiden (1-5).<br />
Die Orientierung des HEL-Peptides in <strong>der</strong> Röntgenstruktur ist in Türkis dargestellt.<br />
3.2.3.2 Docking vonPeptidenin<strong>der</strong>BindungsgrubedesRT1.B l – Moleküles<br />
mit Hilfe des Programmes Modeller 4<br />
Ausgehend von <strong>der</strong> murinen I-A k – Struktur wurde <strong>der</strong> RT1.B l –Peptid -Komplexmo-<br />
delliert. Dabei wurde die Tatsache ausgenutzt, dass die MHC Klasse II – gebundenen<br />
Peptide alle die gleiche Konformation aufweisen [38]. Dadurch ist die Konformation des<br />
gebundenen Peptides weitgehend unabhängig von dessen Sequenz. Im initialen Prozess<br />
des komparativen Modellings wird die Struktur des Targets abhängig von <strong>der</strong> Template –<br />
Struktur aufgebaut. Die Analyse <strong>der</strong> Modelle zeigte, dass die modellierten Peptide die
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