Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

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viert. Während die Aminosäuren ARG61 und TRP62 nur Wasserstoffbrückenbindungen
mit H2O – Molekülen eingehen, bilden diese Aminosäuren bei RT1.B l intermolekulare
Wasserstoffbrücken – Bindungen aus (Abb. 43). Das HEL50-62 Peptid bildet wie das
CLIP88-100 Peptid sowohl im C- als auch im N – terminalen Bereich zahlreiche Wasser-
stoffbrücken – Bindungen aus. Im Gegensatz zu CLIP hat jedoch nur eine Aminosäure,
ASN59, keine Wasserstoffbrücken – Bindungskontakte.
3.2.10 Van der Waals und Wasserstoffbrücken – Kontakte von OVA323-335
mit dem RT1.B l – Molekül
Wie die Edmann – Sequenzierung ergab (Kap. 3.1.14), findet bei den ersten Schritten der
Prozessierung von Ovalbumin auch ein Schnitt bei einer Aminosäureposition um die 300
statt. Das dabei generierte Fragment enthält ein dominantes Ovalbumin – Epitop,
OVA323-339. Dieses wurde als OVA323-335 in das RT1.B l – Modell in der von der Literatur
vorgeschlagenen Orientierung einmodelliert [152]. In der Tab. 22 sind die ausgebildeten
AS Atom Wasserstoff-
Brücke
van der waals Kontakte
ILE323 N GLN α50 O, THR α52, O, LEU α51 O PHEα48
O SERα53, PHEα48, GLNα50, LEUα51
SER324 N SERα53, ASPα55, LEUα51,
O SERα53
OG SER α53 OG, ASP α55 OD1 ASPα55
GLN325 N SER α53 N ASNβ82, ASPα55, SERα53
O HIS β81 NE2 ASNβ81, SERα53
OE1 ASN β82 ND2 SERα53, GLUα31, SERβ85, GLUβ86
NE2 GLUα31 OE1, GLU β86 OE2 SERα53, SERβ85, SERβ90, THRβ89
ALA326 N VALβ78, ASNβ82, SERα53, HISα24,
O HIS α24 NE2 TYRα9, ASNβ82
VAL327 N TYRα9, ASNβ82, HISα24
O GLUβ74, TYRα9,
HIS328 N TYR α9 O GLUβ74, ASNα62, CYSβ79,
O GLUβ74, ASNα11, GLYβ13, ASNα62, TYRα9
ND1 GLU β74 OE1 THRβ71, ASPβ26, CYSβ79, GLYβ13, CYSβ15
NE2 ASP β26 OD1 THRβ71, GLUβ74, CYSβ79, GLYβ13, LEUβ14, CYSβ15
ALA329 N GLU β74 OE1 ASNα62, GLNβ70, ASNα62, TYRα9
O TYRβ90, ASNα62, GLUβ74
ALA330 N ASN α62 OD1 GLUβ74, ASNα11
O GLNα61, ASNα62, GLNβ70, GLUβ74
HIS331 N ASNα69, TYRβ30, ASNα62
O ASN α69 ND2 TYRβ9, ILEα65, TYRβ30
ND1 TYR β47 OH, TYR β30 OH TYRβ67, THRβ71, GLUβ74
NE2 GLU β74 OE2 TYRβ67, TYRβ47, THRβ71, TYRβ30
ALA332 N TYR β67 OH ASNα69
O ASN α69 OD1 TYRβ60
GLU333 N ASN α69 OD1 TYRβ60,
O TYRβ60, ASNα69
OE1 SERβ57 OG, TYR β37 OH ARGα76, LEUβ53, TYRβ9
OE2 ARG α76 NH2, SER β57 OG ARGα76, LEUβ53, TYRβ37, TYRβ9
ILE334 N SERβ57
O ARG α76 NH2 LYSα75, ARGα76, SERβ57
ASN335 N LYSα75, ARGα76
O LYSα75, GLUα71
OD1 HIS α68 NE2 LYSα75, GLUα71, GLUα71
ND2 LYSα75, GLUα71
OXT LYS α75 NZ ILEα72, GLUα71, ARGα76
Tab. 22 Kontakte des OVA-Peptides mit RT1.B l