Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

Material und Methoden Seite 64
2.9.3 Programme zur Strukturintegritätsprüfung
2.9.3.1 WhatCheck 4.99g
WhatCheck ist ein freiverfügbares Subset des Kristallographie – Paketes WhatIF [118].
Mit Hilfe des Programms lassen sich zahlreiche Integritätsprüfungen durchführen. So
werden bei den administrativen Checks die Nomenklatur, Kettennamen überprüft und
nach fehlenden Atomen und C – terminalen Sauerstoffatomen gesucht. Des weiteren
wird die Symmetrie und Geometrie der Struktur überprüft. Hierbei werden vor allem die
Chiralität, Bindungslängen und –winkel, Torsionswinkel sowie die Planarität von aroma-
tischen Ringen überprüft. Die Strukturuntersuchungen schließen die Packungsqualität,
Seitenkettenrotamere, Wasserstoffbrücken und „Backbone“ – Qualität ein. Das Ergebnis
des WhatCheck – Laufs erlaubt jedoch keinerlei Aussage darüber, ob eine Struktur er-
nergetisch oder biologisch sinnvoll ist [119].
2.9.3.2 Procheck
Die Procheck – Programmsuite nimmt eine detaillierte Überprüfung der Stereochemie ei-
ner Proteinstruktur vor. Die Ausgabe ist eine Anzahl von Plots im Postscript – Format
sowie eine zusammenfassende „residue by residue“ – Liste. Hierdurch ergibt sich eine
Aufstellung der Qualität der Struktur verglichen mit Strukturen gleicher Auflösung. Zu-
dem werden Bereiche gekennzeichnet, die nähere Untersuchungen erfordern [120].