Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung
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Ergebnisse Seite 119<br />
Das Substrat wird nach dem Zufallsprinzip <strong>im</strong> freien Raum um den Rezeptor be-<br />
wegt. Bei jedem S<strong>im</strong>ulationsschritt werden be<strong>im</strong> Liganden die Freiheitsgrade<br />
nach dem Zufallsprinzip verän<strong>der</strong>t: Translation des Schwerpunktes, Orientierung<br />
sowie Rotation <strong>der</strong> dihedralen Winkel. Von dieser neuen Konfiguration wird dann<br />
die Energie evaluiert und mit den vorhergehenden Schritten verglichen. Ist die<br />
Energie niedriger, so wird die neue Konfiguration akzeptiert. Die Akzeptanz von<br />
Konfigurationen ist von <strong>der</strong> S<strong>im</strong>ulationstemperatur abhängig. Je höher sie ange-<br />
setzt wird, desto mehr Konfigurationen werden akzeptiert. Wichtig für diese Si-<br />
mulationsmethode ist, dass eine initiale Konfiguration gefunden wird. Während<br />
dies mit kleinen, zyklischen Substarten wie z.B. dem Trypsin - Inhibitor (1HVR)<br />
bei <strong>der</strong> Trypsin- Struktur schnell gelang, konnte mit dem HEL50-62 – Peptid und<br />
dem I-A k – Molekül keine solche initiale Konfiguration gefunden werden. Auch<br />
Einschränkungen in <strong>der</strong> Flexibilität des Liganden und Einschränkung <strong>der</strong> freien<br />
Torsionen auch Nicht- Backbone Torsionen brachte keinen Erfolg. Eine Erhöhung<br />
<strong>der</strong> s<strong>im</strong>ulierten Annealing – Temperatur auf 2000K führte ebenfalls nicht zu ei-<br />
nem positiven Ergebnis. Nach einer erfolglosen Suche nach einer initialen Konfi-<br />
guration von 96h wurden die Versuche mit dem Metropolis – Algorithmus ab-<br />
gebrochen.<br />
Der Global - Local – Search Algorithmus des AutoDock Programms war unter LI-<br />
NUX nicht lauffähig. Dies liegt mit dem enormen Stack - Bedarfs des Algorith-<br />
mus zusammen. Zudem konnten <strong>im</strong> Quellcode weitere Speicherzuordnungs -<br />
Fehler gefunden werden.<br />
Mit Hilfe des genetischen Algorithmus konnten mehrere Substrat - Ligand Kon-<br />
formationen errechnet werden. Eine genaue Analyse dieser Komplexe zeigte je-<br />
doch, dass alle Konformationen nicht dem I-A k - HEL entsprachen (Abb. 36). Teil-<br />
weise zeigten die Komplexe auch sterische Hin<strong>der</strong>ungen. Auch hier wurden alle<br />
Parameter durchgespielt, es konnte jedoch kein Docking des HEL – Peptides in<br />
<strong>der</strong> Bindungsgrube des MHC Klasse II – Moleküls erreicht werden.
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