Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

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fahren, die Peptide direkt mit dem RT1.B l – Molekül zu modellieren brachte zudem den
Vorteil, dass auch das Substrat flexibel gehalten wurde. Dieses Verfahren ist jedoch nur
möglich, wenn die initialen Koordinaten des Liganden festgesetzt werden. Aufgrund der
hohen strukturellen Homologie der MHC Klasse II – Moleküle und der Peptide unterein-
ander ist dies möglich [38 b].
4.4 Bindung von Peptiden an das RT1.B l – Molekül
MHC Klasse II – Moleküle können eine Vielzahl von verschiedenen Peptiden binden
[200]. Die Bindung von Peptiden ist spezifisch für bestimmte Allele und Isotypkomplexe.
Die Allelspezifität wird größtenteils durch polymorphe Taschen in der Bindungsgrube
der MHC Klasse II - Moleküle determiniert. In diese Taschen passende Peptide sollten
hochaffin gebunden werden. Bindungsmotive für das RT1.B l – Molekül wurden in frühe-
ren Studien in Kenntnis der Röntgenstruktur von HLA - DR und der Sequenzanalyse
von eluierten Peptiden abgeleitet [152,184]. Diese Studien zeigten jedoch, dass es
schwierig ist, für das RT1.B l – Molekül aus den bekannten Daten ein Bindungsmotiv ab-
zuleiten. Neuere Röntgenstrukturanalysen der murinen RT1.B l Homologen I-A d und I-A k
zeigten, dass diese MHC Klasse II - Moleküle im Vergleich zu humanen HLA – DR und
murinen I-E Molekülen über keine großen Ankertaschen verfügen [136,137]. Daher
wurden auf der Basis der murinen I-A – Moleküle Modelle für das RT1.B l Molekül mit
gebundenem Peptid mittels Molecular Modelling abgeleitet. Hierbei wurden neben den
HEL50-62 und OVA323-335 – Peptiden auch das wichtige Zwischenprodukt in der Reifung
von MHC Klasse II – Molekülen [134], RT1.B – CLIP untersucht.
4.4.1 Vergleich der Bindung von CLIP88-100 und CLIPm88-100
Die unterschiedlichen Bindungsaffinitäten von CLIP88-100 und CLIPm88-100 erlauben es,
die Unterschiede zwischen low- undhigh-Bindern herauszuarbeiten. Die MHC Klasse II –
CLIP – Komplexe sind zudem von besonderem Interesse, da sie als SDS – instabil be-
schrieben wurden [66a-b]. Mit Hilfe des Molecular Modellings wurde versucht, die mole-
kulare Basis für diesen Effekt bei den RT1.B l – Molekülen zu untersuchen. Ein Vergleich
der verschiedenen errechneten Ratten – MHC –Komplexe ergab, dass es nur geringfügige
Unterschiede zwischen den einzelnen Modellen gab. Ähnliches wurde auch beim Ver-
gleich der HLA – DR1-HA und DR3-CLIP – Struktur beobachtet. Auch gab es nur geringe