Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

Inhaltsverzeichnis Seite iii
2.7.3.1 cDNA – Synthese mit dem ThermoScript RT-PCR System 56
2.7.3.2 Durchführung der PCR 57
2.8 Fotodokumentation 59
2.8.1 Entwicklung der Röntgenfilme 59
2.8.2 Herstellung und Entwicklung von Negativaufnahmen 59
2.8.3 Anfertigung von Positivabzügen 60
2.9 Computerprogramme 60
2.9.1 Visualisierungs- und Sequenzprogramme 61
2.9.1.1 RASMOL 61
2.9.1.2 SeqVu 61
2.9.1.3 VMD 1.3 61
2.9.1.4 MolScript v2.1 61
2.9.1.5 ClustalX 1.8 62
2.9.2 Molecular Modelling Programme 62
2.9.2.1 Modeller 4 62
2.9.2.2 AutoDock Version 3.0 63
2.9.2.3 TINKER 3.7 63
2.9.2.4 CCP4 63
2.9.3 Programme zur Strukturintegritätsprüfung 64
2.9.3.1 WhatCheck 4.99g 64
2.9.3.2 Procheck 64
3. Ergebnisse 65
3.1 Proteinbiochemische und molekularbiologische Untersuchungen 66
3.1.1 Aufreinigung des Modellprotein Ovalbumin 66
3.1.2 Markierung und Nachweis von Ovalbumin 71
3.1.3 In vitro Verdauung von FITC markiertem Ovalbumin 73
3.1.4 2D – Analyse von enzymatisch abgebauten FITC- Ovalbumin 74
3.1.5 Molekularbiologische Untersuchungen 77
3.1.5.1 RNA – Isolation aus Knochenmarks - Makrophagen 77
3.1.5.2 RT – PCR Nachweis lysosomaler Proteinasen 78
3.1.6 Aufnahme von FITC-OVA durch KMM∅ 79
3.1.7 Solubilisierungsbedingungen für FITC-OVA gepulste Zellen und Trennbedingungen
für die Zellsolubilisate 81
3.1.8 Kinetik der Antigenprozessierung durch Knochenmarksmakrophagen 83
3.1.9 Einfluß des Aspartat- Proteinase - Inhibitiors Pepstatin A auf die Kinetik der
Antigenprozessierung 87
3.1.10 Kinetikanalyse der Antigenprozessierung unter dem Einfluß des SH- Proteinase -
Inhibitors Leupeptin 89
3.1.11 Einfluß verschiedener Proteinaseinhibitoren auf die Antigenprozessierung 91
3.1.12 Zweidimensionale Analyse der Antigenprozessierung durch unstimulierte
Makrophagen 95
3.1.13 Prozessierung von FITC – OVA durch dendritische Zellen 95
3.1.14 Edmann – Sequenzierung der aus M∅ isolierten Fragmente von FITC-OVA 98
3.2 Biophysikalisch – theoretische Untersuchungen 102
3.2.1 Struktur der kristallisierten MHC Klasse II und DM-Moleküle 103
3.2.1.1 Topologiediagramm des MHC Klasse II Molekül 106