Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

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16 gibt einen Überblick über die Lage der β - Faltblattstrukturen in den bekannten MHC
Klasse II - Molekülen. Sowohl in der α− als auch in der β - Kette kommen drei Gruppen
von antiparallelen Faltblättern vor. Jede dieser Gruppe besteht aus drei bis vier einzel-
nen Faltblättern. Abweichungen in der Anzahl zwischen den einzelnen Molekülen sind in
der unterschiedlichen Auflösung der einzelnen Moleküle und dem äußerst exakten Algo-
rithmus begründet. Für die Bindungsgrube findet sich eine Gruppe von AS α5-15, α19-
27, α29−35 und α39−44 für die α−Kette, sowie β7-18, β23-33, β35-42 und β45-50 für
die βKette. Für die Immunglobulindomäne finden sich folgende beiden Paarungen: α88-
94, α103-113, α133-140, α144-153 sowie α118-124, α160-166, α174-178 für die
α−Kette und β98-104, β113-122, β141-144, β154-163 sowie β128-134, β169-176, β184-
190 für die β−Kette. Die Zahl der Randbedingungen läßt sich weiter erhöhen, indem die
Lage der Cis - Peptide und der Disulfid - Brücken explizit angeben werden. So gibt es für
die α−Kette eine, für die β−Kette zwei typische Disulfid - Brücken. Eine Disulfid - Brü-
cke ist typisch für die Immunglobulindomäne, die zweite Brücke der β - Kette liegt in
der Bindungsgrube. Die nachfolgende Tab. 17 zeigt die Lage der Bindungen in allen
MHC Klasse II - Strukturen. Die Lage ist in allen bekannten Strukturen, sowohl in hu-
αααα1 ββββ1 ββββ2
Bindung CYS107-CYS163 CYS15-CYS79 CYS117-CYS173
Tab. 17 Lage der Disulfid-Brücken in MHC Klasse II Strukturen
manen als auch in murinen, hochkonserviert.
Ein weiteres, strukturell wichtiges Merkmal ist die Lage der Cis - Peptide. Im Normalfall
stehen die Aminosäurereste in trans - Position zueinander, da dies die energetisch güns-
tigere Position ist. Ausnahmen von dieser Regel stellen häufig AS - Prolin Peptidbindun-
gen dar. Hier ist die Cis - Stellung aufgrund der eingeschränkten Drehwinkel häufig die
energetisch begünstigte Position. Auch die Lage der Cis - Peptide ist in den MHC Klasse
II - Molekülen hoch konserviert. Die Tab. 18 listet die Position der Cis - Peptide in allen
Strukturen auf. Ausnahmen ist die erste Cis - Peptid Bindung an der Position AS 15-16
: Bei der HLA-DR3-Struktur ist an der Position 16 kein Prolin vorhanden. Bei den bei-
den Maus Molekülen H2-I-A d bildet sich an der Position AS 15-16 kein Cis - Prolin aus.
αααα1 αααα2 ββββ1
Bindung 15-16 113-114 123-124
Tab. 18 Lage der Cis-Peptide in MHC Klasse II Molekülen