Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

Ergebnisse Seite 103
15), liegen von Ratten MHC Klasse II- und DM-Molekülen keinerlei Strukturdaten vor.
Die Ermittlung von Röntgenstrukturdaten erfordert einen hohen experimentellen Auf-
wand, und ist vor allem von guten Kristallen der zu untersuchenden Moleküle abhängig.
Hierfür werden erhebliche Mengen an reinstem Protein benötigt. In dieser Arbeit wurde
ein anderer Ansatz zur Gewinnung von Strukturinformationen der an der Antigenprä-
sentation beteiligten MHC Klasse II - Proteine gewählt. Da die beteiligten Moleküle Spe-
zies übergreifend sowohl über eine hohe Sequenz- als auch Strukturhomologie verfügen,
ist es möglich, mittels des komparativen Molecular Modelling Strukturinformationen zu
errechnen.
Die komparative Proteinstruktur - Modellierung nutzt experimentell ermittelte Struktur-
informationen anderer Proteine mit ähnlicher Aminosäure - Sequenz. Dies ist möglich,
da kleine Änderungen in der Proteinsequenz in den meisten Fällen nur zu geringfügigen
Strukturänderungen führen [130].
PDB-Code Molekül Organismus Auflösung Dimere Ref.
1DLH HLA-DR1 Human 2,80 Å 2 [131]
1SEB HLA-DR1 Human 2,70 Å 2 [132]
1AQD HLA-DR1 Human 2,45 Å 4 [133]
1A6A HLA-DR3 Human 2,75 Å 1 [134]
2SEB HLA-DR4 Human 2,50 Å 1 [135]
1IAO
H2-I-A
d Murin 2,60 Å
1
[136]
2IAD
H2-I-A
d Murin 2,40 Å
1
[136]
1IAK
H2-I-A
k Murin 1,90 Å
1
[137]
1IEA
H2-I-E
k Murin 2,30 Å
1
[138]
1IEB
H2-I-E
k Murin 2,70 Å
1
[138]
Tab. 15 Übersicht der Template – Strukturen
Die Qualität der durch komparative Modellierung erhaltenen Proteinmodelle liegt deut-
lich über der durch andere Methoden errechneten Strukturen. Die erhaltenen Struktu-
ren zeigen eine Standardabweichung von 1Å für Sequenzen, die über hohe Homologien
zu bekannten Strukturen verfügen [139]. Um optimale Ergebnisse zu erhalten, ist eine
genaue Kenntnis der Referenzstrukturen (Templates) unabdingbar.
3.2.1 Struktur der kristallisierten MHC Klasse II und DM-Moleküle