Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

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vermittelt werden [137]. Solche vermittelten Kontakte sind jedoch nur in dieser Struktur
berücksichtigt. Dies kann mit der hohen Auflösung dieser Struktur zusammenhängen.
4.4.3 Analyse des RT1-B l –OVA323-335 Komplexes und hypothetischer
Wirkmechanismus von DM
Das OVA323-335 – Peptid ist in mehreren Studien als RT1.B l High-Binder beschrieben
worden [152,153]. Bei den untersuchten Peptid – RT1.B l – Komplexen bildet das OVA –
Peptid die meisten Wasserstoffbrücken – Bindungen aus. So werden vier Wasserstoff-
brücken mehr ausgebildet als beim ebenfalls als High-Binder beschriebenen CLIP – Pep-
tid. Während CLIP jedoch in Gegenwart von DM gegen andere Peptide ausgetauscht
wird, ist die hohe Anzahl an Wasserstoffbrücken – Bindungen als Kriterium sowohl für
hohe Bindungsaffinität als auch DM – Resistenz zu deuten. Als einziges untersuchtes
Peptid bildet das OVA - Peptid mit jeder Aminosäure Wasserstoffbrückenbindungen mit
dem RT1.B l – Molekül aus. In einer neueren Studie wurde vor allem die Ausbildung ei-
ner Wasserstoffbrücken - Bindung zwischen HIS β81 und gebundenem Peptid als kri-
tisch für die Ausbildung von stabilen MHC Klasse II – Peptid Komplexen festgestellt
[201]. Alle untersuchten Peptid – RT1.B l – Komplexe bilden diese Wasserstoffbrücken –
Bindung aus. Die besondere Stabilität von OVA - und CLIP – RT1.B l - Komplexen ist
möglicherweise auf das Ausbilden von Wasserstoffbrücken zu fast allen Aminosäuren
zurückzuführen.
Die Studien an verschiedenen RT1.B l – Peptid Komplexen zeigen eine möglichen Mecha-
nismus für das Peptid – Editing durch DM – Katalyse auf. Da einzig beim OVA323-335 –
Peptid alle Aminosäuren Wasserstoffbrücken - Bindungen mit RT1.B l eingehen, ist ein
DM – Wirkmechanismus anzunehmen, der diese Bindungen aufspaltet. Zudem deuten
die Ergebnisse und weitere Studien [201] auf einen kooperativen Mechanismus der Pep-
tid – Dissoziation hin. Ein ähnlicher kooperativer Mechanismus steuert die Sauerstoff-
bindung beim Hämoglobin – Molekül [202]. Hier wirkt die Kooperativität jedoch auf der
Ebene der Wasserstoffbrücken – Bindungen. Sind von einer Aminosäure des Peptides
die Wasserstoffbrücken zur Peptidbindungsgrube bereits gebrochen oder nicht vorhan-
den, so können hierdurch andere intermolekulare Interaktionen destabilisiert werden.
Dies würde besonders Peptide mit weniger guten Bindungsenergien beeinflussen. In
früheren Studien wurde gezeigt, dass High-Binder relativ resistent gegenüber DM sind
[203]. Die DM – Funktion könnte darin liegen, eine oder mehrere Wasserstoffbrücken –