Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

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Abb. 33 Bindungsgrube des RT1.B l Moleküls in Backbone Darstellung
Dargestellt sind die polymorphen Positionen als farbige Kreise. Die konservierten Positionen sind
mit Seitenketten dargestellt.
Um Aussagen über die Beteiligung der α bzw. β Kette an der Ausbildung der Peptid -
Bindungstaschen zu treffen, wurde die Fläche berechnet, die dem Lösungsmittel zugäng-
lich ist. Durch die grafische Darstellung dieser Fläche lassen sich die potentiellen Ta-
schen leicht erkennen. Die Abb. 34 zeigt die Beteiligung beider Ketten an der Ausbil-
dung der Taschen.
An der rechten Seite lässt sich eine tiefe Tasche erkennen, die von beiden Ketten ausge-
bildet wird. Eine sehr große Tasche lässt sich in der Mitte erkennen. Hier passt theore-
tisch eine Seitenkette quer in die Bindungsgrube. Um jedoch eine Aussage über mögli-
che Präferenzen für bestimmte Aminosäuren zu ermöglichen, wurden die einzelnen Ami-
nosäuren nach ihren physikochemischen Eigenschaften eingefärbt. Die basischen Ami-
nosäuren Arginin, Histidin und Lysin wurden blau, die sauren Aminosäuren Asparagin-
säure und Glutaminsäure rot, die neutralen Aminosäuren grau und die polaren Amino-
säuren grün eingefärbt. Anschließend wurde wieder die dem Lösungsmittel zugängliche
Fläche errechnet und das Ergebnis in der Abb. 34 grafisch dargestellt