Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

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Als Peptide für das Modelling wurde das in der Bindungsgrube von MHC Klasse II - Mo-
lekülen bindende Peptid der invarianten Kette CLIP88-100 und eine Mutante, CLIPm aus-
gewählt. Das CLIPm hat einen Austausch von MET98 gegen TYR98 und bindet etwa
100fach schwächer an das RT1.B – Molekül als CLIP [152]. Der CLIP – MHC Klasse II
Komplex stellt ein wichtiges Zwischenstadium in der Reifung der MHC Klasse II – Mole-
küle dar. Das Ratten – CLIP zeigt deutliche strukturelle Unterschiede zum humanen
CLIP, was zum Teil auf Sequenzunterschiede zurückzuführen ist(Abb. 37 A). Die Mini-
mierung zeigt deutlich, dass es kaum Änderungen an der Backbone – Konformation gibt.
Die meisten strukturellen Unterschiede zeigen sich in der Anordnung der Seitenketten –
Atome. Die CLIP – Mutante zeigt deutliche Konformationsunterschiede nach der Ener-
gieminimierung (Abb. 37 B). Dies ist besonders im Bereich des TYR98 sichtbar, wo sich
das Cα deutlich verschiebt.
Als weiteres Peptid für das Modelling wurde das HEL50-62 – Peptid ausgewählt, um Ver-
gleiche mit der Referenzstruktur I-A k – HEL50-62 aufstellen zu können. Das HEL50-62 –
Peptid zeigt nach Energieminimierung im Bereich der Aminosäuren 50 – 54 deutliche
Konformationsänderungen gegenüber der Röntgenstruktur und dem nicht minimierten
Peptid (Abb. 37 C). Besonders die aromatische Gruppe des Tyrosins zeigt eine deutliche
Drehung um 90°. Im hinteren Bereich des Peptides sind nur geringe Konformationsän-
derungen zu beobachten.
Das OVA323-335 – Peptid wurde ausgewählt, das es als hochaffiner RT1.B l –Binderbe-
schrieben wurde [152]. Auch hier sind nach der Energieminimierung deutliche Konfor-
mationsänderungen im N- terminalen Bereich des Peptides zu beobachten. Gegenüber
dem HEL – Peptid gehen diese Änderungen jedoch bis in den mittleren Bereich. Hier
zeigt die Seitengruppe des HIS328 und HIS331 die größten Konformationsänderungen.
Mit Ausnahme der CLIP - Mutante zeigen alle Peptide nach der Energieminimierung im
Carboxy - terminalen Bereich die geringsten Konformationsverschiebungen. Besonders
auffällig ist die Verschiebung des SER96 aus der Bindungsgrube hinaus in Richtung des
T- Zell – Rezeptors. Dies ist möglicherweise eine der Ursachen für das schlechte Bin-
dungsverhalten der CLIP- Mutante.