Protein ? Disassembly im Verlauf der endosomalen Prozessierung

Ergebnisse Seite 118
3.2.3 Docking vonPeptidenindieBindungsgrubedesRT1.B l – Modells
Die Spezifität der Peptid- Bindung an MHC Moleküle ist durch Bindungsmotive definiert.
Diese Motive bestehen aus mehreren relativ konservierten Ankerpositionen. Die Identifi-
kation der Peptidbindungsmotive wird erschwert durch Größenheterogenität und dege-
nerierte Aminosäurebenutzung an den Ankerpositionen [145]. Zur Zeit werden verschie-
dene Ansätze verfolgt, um MHC Klasse II – Motive zu ermitteln: Screening von „random
peptide“ Phagenbanken [146], oder Peptidbanken [147], pool [148] und individuelle
[149] Sequenzierung von natürlichen MHC Klasse II – Liganden, sowie die extensive
Substitutionsanalyse von bekannten antigenen Peptiden [150]. Diese Studien wurden
hauptsächlich an humanen HLA – DR und murinen I-E Molekülen durchgeführt. Die
hiervon angeleiteten Motive zeigen eine Nonamer – Sequenz mit Ankerpositionen an den
Stellen P1, P4, P6 und P9. Dagegen sind die Peptidmotive von vielen anderen MHC Klas-
se II – Produkten wie die murinen I-A – Moleküle sowie des Ratten MHC nur unzurei-
chend charakterisiert [152]. Das Molecular Modelling des Ratten RT1.B l –Molekülsergibt
eine weitere Methode, das Bindungsverhalten von Peptiden auf molekularer Ebene zu
studieren. Zudem sind Analysen von verschieden starken Bindern sowie deren Einfluss
auf die Konformation der MHC Klasse II – Moleküle möglich. Das genaue Studium der
van der Waals – Kontakte und der Wasserstoffbrücken – Bindungen zwischen Ligand
und Rezeptor ermöglicht die exakte Peptidbindungsspezifität zu ermitteln.
3.2.3.1 Docking von Peptiden mit Hilfe von AutoDock 3
Das Programm AutoDock 3 besteht aus einer Vielzahl von Unterprogrammen, um
ein automatisiertes Docking von Liganden an Rezeptoren zu ermöglichen. Bevor
die Simulation gestartet werden kann, müssen die Strukturdateien in das PDBQS
– Format konvertiert werden. Hierzu müssen die Wasserstoffatome, Lösungspa-
rameter und partiale Atomladungen zu den Koordinatendateien addiert werden.
Zudem müssen die freien Torsionen des Liganden definiert werden. Hierzu stehen
Hilfsprogramme zur Verfügung [151]. Nachdem die nötigen Parameterdateien er-
stellt sind, kann die Simulation gestartet werden. Für das automatisierte Docking
standen drei verschiedene Algorithmen zur Verfügung.
Die Metropolis- oder Monte Carlo simulated annealing- Methode ist eine schnelle
Technik für die Konfigurationssuche. Hierbei wird der Rezeptor statisch gehalten.