Angelika Semmler - KOPS - Universität Konstanz

5 Anwendung der Methode
5.5 Bestimmung der Bindungskonstanten
Um die Affinität der gefundenen Peptide zu Streptavidin einordnen zu können,
wurden Bindungsstudien durchgeführt. Die dafür ausgesuchten Peptidsequenzen
sind in Abb. 5.9 aufgeführt.
Abb. 5.9 Die für die Bindungsstudien ausgewählten Peptidsequenzen. Es handelt sich
immer um über die seitenkettencyclisierte Peptide und ihre linearen Analoga.
Über die mit Unterstrich hervorgehobenen Aminosäuren Lysin und
Glutaminsäure erfolgte die Cyclisierung.
Aus den im Streptavidin-Screening positiv getesteten Sequenzen (Hitbead-
sequenzen) wurde eine Peptidsequenz ausgewählt. Die ausgewählte Peptidsequenz
92 ist eine der drei doppelt gefundenen Hitsequenzen. Aufgrund ihrer Aminosäuren-
zusammensetzung erhoffte ich mir von ihr eine besonders gute Löslichkeit im
wässrigen Puffersystem der Bindungsstudie. Verbindung 94 war ebenfalls ein
Mitglied der OBOC-Peptidbibliothek. Dieses Peptid enthält ebenfalls ein HPQ-Motiv
und wurde somit als potentieller Binder eingestuft. Im Screening wurde dieses Peptid
jedoch nicht gefunden. Es stellt sich also die Frage, ob dieses Peptid trotz
vorhandenen HPQ-Motiv eine nur sehr geringe Bindung zu Streptavidin aufweist. Bei
Verbindung 96 wurde das HPQ-Motiv der Hitsequenz invertiert. Das Peptid war kein
Mitglied der Bibliothek. Die Aminosäurenzusammensetzung ist bei allen drei
Peptidsequenzen gleich; sie unterscheiden sich lediglich in der Abfolge der
Aminosäuren (unterschiedliche Sequenz). Somit haben alle drei Sequenzen ein
nahezu gleiches äußeres elektrostatisches Potential. Dadurch können Unterschiede
in der Bindungsaffinität auf molekular-spezifische Selektivität zurückgeführt werden.
Um den Einfluss der konformativen Einschränkung durch die Cyclisierung zu
untersuchen und daraufhin eine Aussage über eine Struktur-Aktivitätsbeziehung
treffen zu können, wurde von allen drei ausgewählten Peptiden die entsprechenden
linearen Analoga hergestellt und ebenfalls experimentell untersucht.
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