Angelika Semmler - KOPS - Universität Konstanz

Xaa2
Position
Xaa3
Xaa4
Xaa5
Xaa6
Ala
Gln
Glu
Gly
His
Phe
7 Zusammenfassung und Ausblick
Pro
Aminosäure
Abb. 7.6 Screening der Bibliothek K-X2X3X4X5X6E-βAPPRM-TG. Das Diagramm zeigt
die möglichen Aminosäuren an unterschiedlichen Positionen der
Peptidsequenz (farbige Markierung). Die Höhe der Balken gibt den
prozentualen Anteil an, mit der die Aminosäure an der entsprechenden
Position in den Hitbead-Peptidsequenzen gefunden werden konnte.
Zur Bestätigung der Selektivität wurden SPR-Experimente durchgeführt. Hierzu
wurden eine ausgesuchte Hitsequenz, eine Sequenz mit dem HPQ-Motiv in den
Positionen 4-6, die sich nicht unter den Hits befand, sowie als Negativkontrolle eine
modifizierte Hitsequenz mit QPH-Motiv in je linearer und cyclischer Form präparativ
dargestellt. Im Falle der Hitsequenz zeigte das cyclische Peptid eine
Bindungsaffinität zu Streptavidin von KD = 323 ± 24 µM, während das lineare Peptid
um einen Faktor von 8,5 schlechter band. Dies belegt, dass durch die Cyclisierung
ein Peptid in einer für die Bindung günstigen Konformation fixiert werden kann. Der
umgekehrte Fall zeigt sich bei den Peptiden 94/95 mit HPQ-Motiv in den Positionen
4-6. Hier wurde für die cyclische Form ein KD von 8,6 ± 2,7 mM bestimmt, der
offensichtlich zu hoch war, um die Verbindung beim Bibliotheksscreening
anzufärben. Das (nicht in der Bibliothek enthaltene) lineare Peptid zeigte eine fast
fünffach bessere Bindung. In diesem Fall wird durch die Cyclisierung eine für die
Ser
Thi
Trp
10
0
40
30
20
70
60
50
100
90
80
%
113