Angelika Semmler - KOPS - Universität Konstanz

5.4 Die Hitbead-Peptidsequenzen
5 Anwendung der Methode
Ca. 12.700 Harzkugeln (195 mg Peptidylharz 86) wurden dem oben beschriebenem
Screening unterzogen, wobei 48 Kugeln eine Aktivität zeigten. 23 dieser Kugeln
wurden aussortiert und mittels PED-MS eindeutig sequenziert. Unter der Annahme,
dass alle Mitglieder gleichmäßig verteilt in der Bibliothek vorhanden sind und alle
Peptidsequenzen mit HPQ-Motiv binden, wäre zu erwarten, dass 63 Harzkugeln mit
HPQXX-, 32 Harzkugeln mit XXHPQ- und 259 Harzkugeln mit XXXHP“Q“-Sequenz
gefunden werden. Berücksichtigt man nur HPQXX- und XXHPQ-Sequenzen, so
sollten 33,8% der gefundenen Peptide ein HPQXX-Motiv und 66,2% ein XXHPQ-
Motiv aufweisen. Nach den statistischen Verteilungstheorien von Burgess [14, 15] und
Zhao [15] empfiehlt es sich, zur vollständigen Abdeckung der Bibliothek weit mehr
Harzkugeln als die absolute Zahl der Bibliotheksmitglieder für das Screening heran-
zuziehen, da eine gleichmäßige Verteilung aller Bibliotheksmitglieder nicht realistisch
ist.
In Tabelle 7 sind alle ermittelten Peptidsequenzen aufgelistet. Alle 23 gefundenen
Peptide tragen ein HPQXX-Sequenzmotiv. Es wurde kein Peptid mit XXHPQ-Motiv
gefunden. Obwohl die Anzahl der im Screening eingesetzten Kugeln nur knapp das
1,3-Fache der Anzahl aller möglichen Bibliotheksmitglieder betrug, konnten drei der
zwanzig Peptide doppelt gefunden werden. Durch die konformative Einschränkung
der cyclischen Peptide scheint das HPQ-Motiv an Position 2-4 bevorzugt zu sein.
Abb. 5.8 zeigt die prozentuale Häufigkeit (als Balken) der eingesetzten Aminosäuren
(durch Farbe hervorgehoben) an den variablen Positionen. Eine deutliche Selektivität
liegt bei Position 2 mit 100% Histidin, an Position 3 mit 100% Glutamin und bei
Position 4 mit 100% Prolin vor. In Position 5 wurde Glycin (33%) am häufigsten
vorgefunden. Alanin, Histidin, Phenylalanin und Thienylalanin wurden zu je 17%
gefunden. Glutaminsäure und Prolin wurden an Position 5 gar nicht gefunden. An
Position 6 konnte keine bevorzugte Aminosäure mehr gefunden werden.
Literaturbekannte Sequenzen zeigten eine Selektivität zu Glycin bzw.
Phenylalanin [120] C-terminal zum HPQ-Motiv. Glycin war auch in unserer Bibliothek
an dieser Stelle am häufigsten anzutreffen, und auch Phenylalanin und das Phe-
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