Angelika Semmler - KOPS - Universität Konstanz

1 Einleitung
Eine weitere Möglichkeit der direkten Sequenzierung von Peptiden, die sich auf
Hitbeads aus einem Screening befinden, bietet der Edman-Abbau, auch Mikro-
sequenzierung genannt. Hier wird jede positiv getestete Kugel einzeln der
klassischen Mikrosequenzierung zugeführt. Ein vorheriges Abspalten des Peptids
vom Harz ist nicht erforderlich, da während des Abbaus Aminosäure für Aminosäure
vom Harz gespalten und anschließend mittels RP-HPLC detektiert wird. Mit einer
Sequenzierungsrate von 3-4 Kugeln pro Tag ist diese Methode jedoch sehr zeit-
intensiv und eignet sich dadurch nur bedingt zum Einsatz im Hochdurchsatz-
verfahren.
Die Leitersequenzierung [26] , welche partiellen Edman-Abbau mit anschließender
MALDI-TOF Massenspektrometrie umfasst, wurde ursprünglich als zeitsparende
Methode zur Sequenzierung von Peptiden in Lösung eingeführt. Die Gruppe um Pei
übertrug diese Methode auf festphasengebundene Peptide aus OBOC-
Bibliotheken. [27] Hierzu werden alle Kugeln, die eine positiv getestete Peptidsequenz
tragen, vereinigt und anschließend einem gemeinsamen partiellen Edman-Abbau
unterzogen. Der partielle Abbau wird durch die Behandlung mit einer Mischung aus
PITC (zur Spaltung) und Fmoc-OSu (zum Capping) realisiert. Am Ende erhält man
auch hier eine Fragmentleiter, welche mittels Massenspektrometrie (MALDI-TOF-
MS) nachgewiesen wird.
1.3.2 Sonderfall cyclische Peptide
Möchte man eine rein massenspektrometrische Sequenzanalyse (tandem-MS/
De-novo-Sequenzierung) auf einen kombinatorischen Ansatz anwenden, so ist der
Erhalt aller Fragmentionen zur vollständigen und eindeutigen Sequenzierung
unbedingt notwendig. Demnach muss die Wahrscheinlichkeit eines Bindungsbruchs
zwischen den Aminosäuren im gesamten Peptid gleich groß sein. Wird dieses
Prinzip zur Sequenzierung cyclischer Peptide verwendet, so sollte der Bruch des
peptidischen Rings an jeder beliebigen Stelle gleich wahrscheinlich sein. Die dadurch
erhaltenen linearen Peptidfragmente haben eine gemeinsame Zusammensetzung
der Aminosäuren, somit eine identische Masse, aber eine unterschiedliche
Aminosäuresequenz. Weitere Fragmentierungen führen zu immer komplexeren
Spektren. [28] In der Gruppe von Ghadiri wurde ein Computerprogramm entwickelt,
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