Angelika Semmler - KOPS - Universität Konstanz

Verbindungsnr.
Linear/Cyclisch
5 Anwendung der Methode
Tabelle 8 Die aus dem SPR-Experiment erhaltenen Bindungskonstanten. Experimente,
die keine brauchbaren Werte ergaben, wurden mit ND (no data) gekenn-
zeichnet.
Sequenz KD (mM)
des linearen Peptids
KD (mM)
des cyclischen Peptids
93/92 H-KHPQHGEβAPPR-NH2 2,76 ± 0,46 0,323 ± 0,024
95/94 H-KHGHPQEβAPPR-NH2 1,80 ± 0,24 8,6 ± 2,7
97/96 H-KQPHHGEβAPPR-NH2 ND ND
Im Falle der Peptide 93/92 mit Hitsequenz zeigte das cyclische Peptid eine
Bindungsaffinität zu Streptavidin von KD = 323 ± 24 µM, während das lineare Peptid
um einen Faktor von 8,5 schlechter band. Dies belegt, dass durch die Cyclisierung
ein Peptid in einer für die Bindung günstigen Konformation fixiert werden kann. Der
umgekehrte Fall zeigt sich bei den Peptiden 94/95 mit HPQ-Motiv in den Positionen
4-6. Hier wurde für die cyclische Form ein KD von 8,6 ± 2,7 mM bestimmt, der
offensichtlich zu hoch war, um die Verbindung beim Bibliotheksscreening
anzufärben. Das (nicht in der Bibliothek enthaltene) lineare Peptid zeigte eine fast
fünffach bessere Bindung. In diesem Fall wird durch die Cyclisierung eine für die
Bindung ungünstige Konformation fixiert. Diese Beobachtung unterstreicht die
Bedeutung der in dieser Arbeit entwickelten Methode zur Analyse von Cyclopeptid-
bibliotheken, bei der die harzgebundenen Cyclopeptide nicht mit linearen Peptid-
fragmenten verunreinigt sind, die zu falschpositiven Ergebnissen führen können.
Mit den durchgeführten SPR-Experimenten konnte gezeigt werden, dass die mit der
neu entwickelten Methode identifizierten Peptide tatsächlich Hitsequenzen sind.
Durch diesen tag-freien Ansatz kann die Kombination von PED und massenspektro-
metrischer Analyse einzelner Harzkugeln jetzt auch auf OBOC-Cyclopeptid-
bibliotheken zur Untersuchung biologisch relevanter Fragestellungen angewandt
werden.
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