Angelika Semmler - KOPS - Universität Konstanz

4 Analytik
Abb. 4.2 a) Fragmentierungsschema mit Nomenklatur nach Roepstorff und Biemann.
b) Schema zur sequenzspezifischen Fragmentierung eines Peptids. Durch
Spaltung der Peptidbindung entstehen b- und y-Fragmente als
Produktionen. [76]
Jedes Massenspektrometer besteht, vereinfacht dargestellt, aus einem Interface,
also einer Aneinanderkopplung von Bauteilen (Abb. 4.1). In der ersten Einheit, der
Ionenquelle, werden die Ionen generiert. In der zweiten Einheit, dem
Massenanalysator, werden die Ionen gesammelt und anschließend entsprechend
ihres Masse-zu-Ladung-Verhältnisses (m/z-Wertes) an die dritte Einheit, den
Detektor, entlassen. Um eine De-novo-Sequenzierung durchführen zu können, muss
das Massenspektrometer die Fähigkeit besitzen, intakte Peptidionen isolieren zu
können, welche anschließend absichtlich in Fragmente gespalten werden. Die
Fragmentierung verläuft hauptsächlich entlang der Peptidkette (Abb. 4.2). Verbleibt
bei der Spaltung die Ladung an den Fragmenten der N-terminalen Serie, so werden
die entsprechenden Fragmente mit a, b, c indiziert. Verbleibt die Ladung dagegen an
den Fragmenten der C-terminalen Serie, werden sie mit x, y, z bezeichnet. Ein
zusätzlicher Index gibt die Zahl der im Fragmention enthaltenen Aminosäurereste an.
Daher läuft dieser Index für die a-, b- und c-Serie in umgekehrter Reihenfolge zur x-,
y- und z-Serie. Diese Benennungsregeln sind als Roepstorff-Fohlman-Biemann-
Nomenklatur bekannt. Bei höherer Fragmentierungsenergie treten noch zusätzliche
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