HBV'de Tedavi - EKMUD

direnç belirleme çalışmaları, özellikle
Mycobacterium tuberculosis, H. pylori gibi yavaş
ya da güç üreyen mikroorganizmalar üzerinde
yoğunlaşmıştır. Tüberküloz basilinde direncin
fenotipik olarak tayini, örneğin laboratuvara
ulaşmasından itibaren 8-10 haftayı bulabilmektedir.
Direncin hızla belirlenmesi, çoğul ilaca
dirençli (multi-drug resistance; MDR) ve yaygın
ilaç dirençli (extremely drug resistance; XDR)
M. tuberculosis suşlarının yayılmasının önlenmesi
açısından oldukça önemlidir. DNA dizi
analizi, dirence neden olan mutasyonların tespit
edilmesinde “altın standart” yöntem olarak kullanılmaktadır.
Ancak antimikrobiyal dirence
neden olan mutasyonlar birden fazla gen bölgesinde
bulunabilir. Bu durumda her bir direnç
geni için ayrı DNA analizi gerektirmesi yöntemin
önemli dezavantajıdır. Buna karşın, rifampin
direncine neden olan rpoB gen bölgesi gibi,
kısa bir bölgede sınırlı olan direnç genlerinin
saptanmasında, DNA dizi analizi ideal bir tekniktir.
M. tuberculosis suşlarındaki antimikrobiyal
direnci saptamak için; katı faz hibridizasyon
testleri, heterodupleks analizi, mutasyona özgü
primerler ile amplifikasyon, “real-time” PCR
gibi birçok moleküler test sıklıkla kullanılmaktadır.
Son yıllarda geliştirilmiş olan DNA mikroçip
teknolojisi, antimikrobiyal direnç genlerinin ve
mutasyona bağlı direncin tespitinde umut verici
bir yöntem olarak gösterilmektedir. Bu yöntem,
PCR ile elde edilen floresanla işaretli amplikonların
çok sayıda farklı oligonükleotid prob içeren
katı yüzeylerde, kendisine uyan probla hibridize
olması temeline dayanmaktadır. Yüzeye
bağlı problarla hibridize olan işaretli amplikonların
yaydığı floresan sinyaller, daha sonra optik
tarayıcı ile saptanarak bilgisayar ortamında
değerlendirilmektedir. Otomatize olma potansiyeli
taşıyan bu teknoloji, aynı anda çok sayıda
direnç mekanizmasının araştırılmasını imkanlı
hale getirmiştir. Friedrich ve arkadaşlarının toplam
157 prob kullandıkları çalışmada,
Enterobacteriaceae ailesi üyeleri hem tür düzeyinde
tanımlanmış hem de aminoglikozid, tetrasiklin
ve beta-laktam gibi önemli antimikrobiyallere
karşı direnç genleri aynı araştırılmıştır.
Diğer bir çalışmada gram-negatif bakterilerde;
TEM, SHV ve CTX-M gibi GSBL tipleri araştırılmıştır.
Bu çalışmada, 156 aminoasit değişikliği-
Barış Otlu
ni tespit edebilecek 618 prob kullanılmış ve
GSBL’ye neden olabilecek genler beş saatte tespit
edilebilmiştir.
Antimikrobiyal direncin saptanmasında moleküler
yöntemlerin kullanılması, geliştirilen yeni
yöntemlerle birlikte giderek artmaktadır.
Özellikle bazı mikroorganizmalarda bu yöntemler
öne çıkmaktadır. Ancak beklentinin aksine,
bugün için rutin fenotipik yöntemlerin yerine
geçebilecek ideal bir moleküler test yoktur. Her
iki yöntemin birlikte kullanılması hem direncin
doğru tespit edilmesini hem de direnç mekanizmalarının
daha iyi anlaşılmasını sağlayacaktır.
KAYNAKLAR
1. Abdelaal A, El-Ghaffar HA, Zaghloul MH, El Mashad N,
Badran E, Fathy A. Genotypic detection of rifampicin and
isoniazid resistant Mycobacterium tuberculosis strains by
DNA sequencing: a randomized trial. Ann Clin Microbiol
Antimicrob 2009;8:4.
2. Arnold C. Rapid analysis of resistant mutant genotypes
using pyrosequencing. Methods Mol Biol 2010;642:217-
23.
3. Bozdoğan B. Gram pozitif bakterilerde fenotipik ve genotipik
direnç saptama yöntemleri. Bakterilerde antimikrobiyal
direncin belirlenmesinde moleküler yöntemlerin kullanımı.
Kurs kitabı. İzmir, 2008:38-40.
4. Depardieu F, Perichon B, Courvalin P. Detection of the van
alphabet and identification of enterococci and staphylococci
at the species level by multiplex PCR. J Clin
Microbiol 2004;42:5857-60.
5. Durmaz R. Direnç gelişimini önlemede moleküler mikrobiyolojinin
katkısı. ANKEM 2009;23(Ek 2):111-5.
6. Fluit AC, Schmitz FJ. The use of molecular techniques to
detect antimicrobial resistance in clinical bacterial isolates.
Microbiologytoday 2001;28:14-5.
7. Fluit AC, Visser MR, Schmitz FJ. Molecular detection of
antimicrobial resistance. Clin Microbiol Rev 2001;14:836-
7.
8. Friedrich T, Rahmann S, Weigel W, Rabsch W, Fruth A,
Ron E, et al. High-throughput microarray technology in
diagnostics of enterobacteria based on genome-wide
probe selection and regression analysis. BMC Genomics
2010;11:591.
9. Fukushima KY, Yanagihara K, Hirakata Y, Sugahara K,
Morinaga Y, Kohno S, et al. Rapid identification of penicillin
and macrolide resistance genes and simultaneous
quantification of Streptococcus pneumoniae in purulent
sputum samples by use of a novel real-time multiplex PCR
assay. J Clin Microbiol 2008;46:2384-8.
10. Garneau P, Labrecque O, Maynard C, Messier S, Masson
L, Archambault M, et al. Use of a bacterial antimicrobial
3. Türkiye EKMUD Bilimsel Platformu 11