francine blumental de abreu - PHL © Elysio - FUNDAÇÃO ANTÔNIO ...

cada amostra foi aplicado à lâmina 4x180K, a qual foi acondicionada a 65°C
por aproximadamente 20 horas.
A lavagem das lâminas consistiu em banhos consecutivos das
soluções presentes no kit do fornecedor incluindo Wash Buffer 1 por 5 min,
Wash Buffer 2 por 1 min, Acetonitrila por 30 seg e Solução de Estabilização
e Secagem por 30 seg .
Análise dos dados de CGH array
As lâminas foram digitalizadas utilizando o Agilent DNA Scanner com
o Software Scan Control 8.1 e os dados foram extraídos pelo Software
Feature Extraction 10.1.1.1 (Agilent Technologies). Os dados foram
analisados no Software DNA Analytics, versão Genomic Worchbench 5.0
(Agilent Technologies), o qual permite a identificação de regiões genômicas
envolvidas em alterações estruturais, como perdas e ganhos. Essas
alterações foram geradas utilizando o banco de dados Hg18 (NCBI Build 36,
March 2006). O algorítmo estatístico utilizado foi ADM-2 (do inglês,
Aberration Detection Method 2). Além disso, foram utilizadas as correções
Centralization e Fuzzy Zero, os quais são usados para remover pequenas
variações nas razões de log2. Essas correções fornecem informações sobre
a qualidade de cada sonda analisada. Para este estudo, foi criado um filtro
específico como parâmetro para detecção inicial de alterações genômicas:
log ratio error de 0,3, limiar de sensibilidade de 6,7 e presença de no mínimo
3 sondas consecutivas com valores -0,3≤log2≥0,3 para considerar um
determinado segmento como possível região de perda ou ganho.
39