francine blumental de abreu - PHL © Elysio - FUNDAÇÃO ANTÔNIO ...

(http://www.ncbi.nlm.nih.gov, http://genome.ucsc.edu/) pelo programa
Primer-Blast (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/). O programa
Oligoanalyzer (http://www.idtdna.com/analyzer/applications/oligoanalyzer) foi
utilizado para prever possíveis formações de estruturas secundárias
(hairpins) e dímeros de iniciadores (homo e heterodímeros), que podem
levar a redução da eficiência da reação. As sequências dos iniciadores para
o gene alvo (tanto para a reação de validação como de mapeamento da
alteração) e referência estão descritos na Tabela 6.
Para a confirmação de perdas detectadas para sondas específicas no
experimento de aCGH, foram desenhados dois pares de iniciadores. O
iniciador 1 (P1), mapeado na região do íntron 4 e 5 do gene ROBO1,
flanqueia a sonda S21 (A_16_P16292303), uma das quatro sondas
alteradas envolvidas na perda identificada nesse gene. O iniciador 2 (P2),
mapeado na região do éxon 4, flanqueia a sonda S26 (A_14_P133797),
mapeada no éxon mais próximo da alteração identificada pela metodologia
de CGH array (Tabela 8, Figura 2). Para esta análise, foram utilizadas DNA
de duas pacientes (grupo 1: SM56 e grupo 2: SM37) que apresentaram a
deleção, e de quatro familiares da paciente SM37 (SM37.2, SM37.3, SM37.4
e SM37.5).
Com o objetivo de mapear a extensão da perda genômica identificada
no gene ROBO1 por CGH array foram desenhados seis pares de iniciadores
(P1 ao P6) flanqueando regiões intrônicas (anterior e posterior ao éxon 4),
exônica e da região de splicing alternativo (Tabela 8, Figura 3). Para esta
análise, foram avaliadas amostras de duas pacientes (grupo 1: SM56 e
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