Biochemische Charakterisierung der siRNA-vermittelten Erkennung ...

Inhaltsverzeichnis
1 Zusammenfassung 1
2 Einleitung 5
2.1 Über die Bedeutung der Genregulation Motivation dieser Arbeit . . . . . . . 5
2.2 Genregulation durch RNA-Interferenz . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
2.2.1 Historische Entwicklung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
2.2.2 Mechanismus der RNAi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
2.3 Die Familie der Argonaute Proteine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
2.3.1 Das humane Argonaute2 Protein . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
2.3.2 Die N-terminale Domäne . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
2.3.3 Die PIWI Argonaute Zwille (PAZ) Domäne . . . . . . . . . . . . . . . . 17
2.3.4 Die middle (Mid) Domäne . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
2.3.5 Die P-element induced wimpy testis (PIWI) Domäne . . . . . . . . . . . 19
2.4 Die strukturellen und molekularen Grundlagen der siRNA-vermittelten RNAi . 20
2.4.1 Anforderungen an kleine regulatorische RNAs und target RNAs . . . . . 20
2.4.2 Molekulare Dynamik von Ago während der Erkennung und Spaltung
von target RNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
2.5 Die Kinetik der siRNA-vermittelten RNAi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
2.5.1 Die kinetische Kontrolle der RNAi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
2.5.2 Vergleichende Analyse der Katalyse durch RISC . . . . . . . . . . . . . 26
2.6 Die Familie der dsRNA-bindenden Proteine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
2.6.1 Die Proteine TRBP und PACT und ihre Rolle bei der RNAi . . . . . . . 29
2.7 Ziel dieser Arbeit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
3 Material 35
3.1 Allgemeines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
3.2 Geräte . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
3.3 Chemikalien . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
3.4 Verbrauchsmaterialien . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
3.5 Säulen und Säulenmaterialien . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
3.6 Lösungen und Puer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
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