SEMNAS Hortikultura Buku 2 - Departemen Pertanian

Deteksi dan Identifikasi Chrysanthemum stunt viroid (CSVd) pada Tanaman Krisan (Dendranthema grandiflora Kitam)
Menggunakan Teknik Reverse Transkriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR)
Diningsih, E. 1) , Suastika, G 2) , Sulyo, Y 1) , Winarto, B 1)
Deteksi dan Identifikasi Chrysanthemum stunt viroid (CSVd) pada Tanaman Krisan
(Dendranthema grandiflora Kitam) Menggunakan Teknik Reverse Transkriptase
Polymerase Chain Reaction (RT-PCR)
Diningsih, E. 1) , Suastika, G 2) , Sulyo, Y 1) , Winarto, B 1)
1) Balai Penelitian Tanaman Hias, Jl. Raya Ciherang-Pacet, Cianjur 43253
2) Institut Pertanian Bogor, Jl. Kamper Darmaga, Bogor
Abstrak. Chrysanthemum stunt viroid (CSVd) adalah salah satu viroid yang menginfeksi tanaman krisan di
Indonesia. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengembangkan metode deteksi CSVd secara molekuler dan
mengkarakterisasi CSVd isolat Indonesia. RNA total diekstraksi dari daun tanaman krisan menggunakan Rneasy
Plant Mini Kits (Qiagen, Germany). Amplifikasi genom CSVd dilakukan dengan teknik reverse transcriptionpolymerase
chain reaction (RT-PCR) menggunakan pasangan primer 5’-CAACTGAAGCTTCAACGCCTT-3’
dan 5’-AGGATTACTCCTGTCTCGCA-3’. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sebuah fragmen dengan
ukuran 250 bp yang mengindikasikan basa-basa penyusun c-DNA CSVd berhasil diamplifikasi dari tanaman
krisan sakit menggunakan teknik RT-PCR. Sekuen c-DNA CSVd isolat Indonesia telah ditemukan dengan
urutan sebagai berikut
CTTAGGATTACTCCTGTCTCGCAGGAGTGGGGTCCTAAGCCTCATTCGATTGCGCGAATCTCGTCGT
GCACTTCCTCCAGGGATTTCCCCGGGGGATACCCTGTAAGGAACTTCTTCGCCTCATTTCTTTTAAG
CAGCAGGGTTCAGGAGTGCACCACAGGAACCACAAGTAAGTCCCGAGGGAACAAAACTAAGGTTC
CACGGGCTTACTCCCTAGCCCAGGTAGGCTAAAGAAGATTGGAA. Urutan basa-basa tersebut
memiliki tingkat kesamaan yang tinggi dengan sekuen nukleotida isolat CSVd dari Jepang, Korea, India, dan
Amerika.
ABSTRACT. Diningsih, E., G. Suastika, & Y. Sulyo . 2011. Detection and Identification of
Chrysanthemum stunt viroid (CSVd) on chrysanthemum (Dendranthema grandiflora Kitam) using RT-
PCR method. Chrysanthemum stunt viroid (CSVd) is one of the important viroids infecting chrysanthemum in
Indonesia. The purpose of this research was to develop molecular-based detection method and characterize
CSVd Indonesian isolate. Total RNA was extracted from chrysanthemum leaf using Rneasy Plant Mini Kits. .
Amplification of the CSVd genom was carried out using a pair of primer i.e. 5’-
CAACTGAAGCTTCAACGCCTT-3’ and 5’-AGGATTACTCCTGTCTCGCA-3’. The result showed that a
fragment of 250 bp indicating the composition of CSVd c-DNA was successfully amplified from infected
chrysanthemum plant using RT-PCR method. The c-DNA sequence of Indonesian CSVd isolate was
successfully found with the acid-base arrangement as follow:
CTTAGGATTACTCCTGTCTCGCAGGAGTGGGGTCCTAAGCCTCATTCGATTGCGCGAATCTCGTCGT
GCACTTCCTCCAGGGATTTCCCCGGGGGATACCCTGTAAGGAACTTCTTCGCCTCATTTCTTTTAAG
CAGCAGGGTTCAGGAGTGCACCACAGGAACCACAAGTAAGTCCCGAGGGAACAAAACTAAGGTTC
CACGGGCTTACTCCCTAGCCCAGGTAGGCTAAAGAAGATTGGAA. The arrangement of the sequence
has highly homology with those of CSVd isolates from Japan, Korea, India, and USA.
Key word: Chrysanthemum stunt viroid (CSVd), reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR),
Dendranthema grandiflora Kitam, DNA sequencing.
Krisan merupakan salah satu bunga potong yang mempunyai nilai ekonomi tinggi. Hal ini
terlihat pada produksi bunga potong krisan pada tahun 2006 menempati urutan pertama sebesar
63.716.256 tangkai atau 38,23%. Angka ini diatas mawar, sedap malam, gladiol dan anggrek. Jika
dibandingkan dengan produksi pada tahun 2005 terdapat peningkatan sebesar 34.24% (Direktorat
Jendral Hortikultura, 2007). Data dari Biro Pusat Stiatistik tahun 2008, menyebutkan bahwa produksi
krisan pot sebesar 99.158.942 tangkai jauh di atas anggrek dengan produksi 15.343.040, mawar
39.161.603 tangkai dan sedap malam 21.180.043 tangkai (Anonim, 2010). Sedangkan pemasaran
untuk krisan standar di pasar Rawa Belong pada tahun 2009 mencapai 163.106 ikat, jika ikatnya
terdapat 10 tangkai maka penjualanyanya mencapai 1.631.060 tangkai (Anonim, 2010). Tingginya
produksi krisan dibandingkan bunga potong lain berimplikasi pada kebutuhan benih dan varietas yang
cukup tinggi pula.
298│
Prosiding SeminarNasional Pekan Inovasi Teknologi Hortikultura Nasional: Penerapan Inovasi Teknologi Hortikultura
dalam Mendukung Pembangunan Hortikultura yang Berdaya Saing dan Berbasis Sumberdaya Genetik Lokal,
Lembang, 5 Juli 2012