Les mondes darwiniens

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[véron iqu e bar r i e l / caractèr e]
Dans le cas de transformations non additives, l’hypothèse phylogénétique
est qu’il faut un pas pour passer d’un état à un autre quel qu’il soit. Cette
option, qui est donc une hypothèse posée préalablement à l’analyse, permet
de ne pas imposer d’état intermédiaire obligatoire dans une série de
transformations : cette option est appelée parcimonie de Fitch 25 . Ces relations
sont nécessairement non linéaires. C’est l’option communément rencontrée
dans l’analyse des données moléculaires où n’importe quel nucléotide (état
de caractère) est considéré comme séparé des autres par un pas unique :
Ces deux représentations équivalentes montrent que chaque transformation
(0 ⇒ 1, 2 ⇒ 3, 2 ⇒ 0, 3 ⇒ 1, etc.) compte pour un pas. La série est dite
non linéaire.
Dans le cas où des relations entre états sont identifiées, la série est dite
additive. Un « ordre » est alors envisagé pour les différents états avec des états
« extrêmes » et des états « intermédiaire » dans la série. L’hypothèse phylogénétique
introduite en amont de l’analyse est alors différente de la précédente.
Une telle série peut être représentée de la manière suivante :
0 -- 1 -- 2 -- 3 ou 0 ⇔ 1 ⇔ 2 ⇔ 3
Dans cet exemple, le passage de l’état 0 à l’état 1 (mais également 1 -- 2,
2 -- 3, 3 -- 2, 2 -- 1 et 1 -- 0) coûte 1 pas, tandis que les autres transformations
sont plus coûteuses puisqu’elles impliquent le passage par un état intermédiaire
dans la série. Ainsi, il faut 2 pas pour passer de l’état 0 à l’état 2 ou de
l’état 1 à l’état 3 (et inversement) et 3 pas pour passer de l’état 3 à l’état 0 (et
inversement). Par ailleurs, cette série est linéaire et non orientée.
25. Fitch (1971), “Distinguishing homologous from analogous proteins”, Systematic
Zoology, 20 @.