Les mondes darwiniens

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[les mon des darwiniens]
et ostéichthyens sont de même rang (par convention, on décidera qu’il s’agit
de deux classes).
3.12 Nommer les clades
Clade est synonyme de « groupe monophylétique ». Homme et chauve-souris
sont tous deux inclus dans un clade. On peut donner un nom à chaque clade.
Dans l’exemple simplifié qui est le nôtre, ce nom pourrait être « Mammifères ».
Pigeon, homme et chauve-souris sont inclus dans un clade plus inclusif, comprenant
le premier, et donc de rang supérieur. S’il fallait le nommer, il s’agirait
ici des Amniotes. En fait, dans tout arbre phylogénétique, chaque segment de
branche interne correspond à un groupe nommé qui englobe tout ce qui est en
aval de cette branche. Si nous sommes capables de construire des phylogénies
et de suivre cette règle, tous les groupes ainsi créés seront monophylétiques,
et la classification qui en découlera sera réellement phylogénétique, comme
l’avait souhaité Darwin. Dans le cahier des charges des classifications actuelles,
l’arbre phylogénétique guide donc, voire fournit la classification.
3.13 L’arbre retenu nous enseigne quels attributs
sont hérités d’un ancêtre commun exclusif
Il y a trois types de ressemblance. La première est celle due à un caractère
primitif partagé, trop général pour pouvoir opérer une classification au
sein de l’échantillon présent. Par exemple, le fait d’avoir des vertèbres font
se ressembler nos trois espèces, mais cela ne nous dit rien sur « qui est plus
proche de qui ». De même, la présence de dents ne regroupe aucunement
la chauve-souris et l’homme à l’exclusion du pigeon, puisque les dents sont
présentes dans l’extra-groupe. La deuxième est due à des caractères dérivés
partagés. Ces ressemblances sont celles qui permettent de créer des classifications
phylogénétiques. Nous avions fait le pari (« homologie primaire ») que
la mandibule faite du seul os dentaire et les mamelles avaient été acquises
d’un ancêtre commun. L’arbre le plus parcimonieux nous enseigne que nous
avions eu raison. Ces ressemblances-là sont des homologies confirmées, ou
« homologies secondaires ». La troisième est la ressemblance qui correspond
à des caractères dérivés non obtenus par ascendance commune. En effet,
au cours du déroulement évolutif, des caractères qui se ressemblent beaucoup
peuvent être acquis plusieurs fois indépendamment dans des lignées
différentes. Par exemple, les mammifères « ont fait de la taupe » trois fois :
une fois en Australie (la taupe marsupiale), une fois en Eurasie (les taupes