Les mondes darwiniens

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[les mon des darwiniens]
non les modèles d’évolution appropriés donnent les mêmes solutions et des
solutions différentes 49 .
En biologie moléculaire, le phénomène d’« attraction des longues branches
» débusqué par Felsenstein capta l’attention des phylogénéticiens (cf.
figure 3 ). Une longue branche c’est un taxon qui a un taux de substitution
nucléotidique 50 élevé. Souvent deux taxons partageant un même taux élevé
se retrouvent associés en parcimonie, même si en réalité ils ne sont pas apparentés,
selon la figure 3A. Tout le problème est de savoir la réalité. Cet écueil
fit que les cladistes critiquèrent les méthodes dites de « modeling 51 » à cause,
précisément, de la nécessité de « présupposer la vérité 52 », en l’occurrence les
paramètres qui correspondent au mode d’évolution des caractères. Ce type de
débat, plonge ses racines dans la nature de la structure du savoir scientifique,
une question fortement épistémologique. Il est vrai que les même modélisations
aboutissent aussi à identifier un phénomène de « répulsion des longues
branches 53 » où la correction en amont des taxons à taux élevé de substitutions
(comme s’ils devaient entraîner une parenté fausse), aboutit à la séparation de
ces longues branches même si, en réalité, elles sont apparentées selon l’image
3B. Autrement dit, ce qui est vrai a priori dans un cas de figure est forcément
faux dans un autre cas de figure : tout le problème consiste en la connaissance
préalable du cas de figure auquel on a affaire. Vingt ans séparent la publication
des deux phénomènes d’attraction/répulsion, comme si le premier cas de
figure avait plus d’impact que l’autre sur l’analyse phylogénétique. En réalité,
la mise en avant du cas particulier d’attraction des longues branches n’avait
pour but que de minorer la pertinence des méthodes cladistiques (dite de
parcimonie) en plein essor à la fin des années 1970, qualifiées de « positivement
trompeuses 54 ».
49. Huelsenbeck & Hillis (1993), “Success of phylogenetic methods in the four-taxon
case”, Syst. Biol., 42 @.
50. Substitution nucléotidique : dans un gène remplacement d’un nucléotide par un
autre (comme l’adénine par la guanine, deux bases purines).
51. Mickevich (1983), “Introduction”, in Platnick & Funk (eds.), Advances in Cladistics,
Vol. 2, Columbia University Press, p. 3.
52. Farris (1983), “The logical basis of phylogenetic analysis” @, in Platnick & Funk
(eds.), Advances in Cladistics, Vol. 2, Columbia UP, p. 35.
53. Siddall (1998), “Success of parsimony in the four-taxon case : long-branch repulsion
by likelihood in the Farris zone”, Cladistics, 14 @.
54. Felsenstein (1978), “Cases in which parsimony or compatibility methods will be
positively misleading”, Syst. Zool., 27 @.