Les mondes darwiniens

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[t h o m a s h e a m s / de quoi la b iolog i e synthétiqu e est-elle le nom ?]
nombreuses découvertes ou vers une gueule de bois généralisée du secteur
des biotechnologies…
Cependant, cette branche de la biologie synthétique peut encore se nourrir
d’un débat fructueux avec la recherche fondamentale. On peut ici mentionner
les efforts qui sont faits pour donner de la maturité à cette approche en
introduisant une composante « écologique » dans cette recherche. En effet,
les espèces sur Terre vivent toutes (à de surprenantes exceptions prêt 68 ) en
interaction avec d’autres, selon des modalités très variées, allant du parasitisme
à la symbiose, en passant par les relations proies-prédateurs. Il n’y a de
vivant que s’il y a échange avec du vivant (ce qui rend délicate la définition
de la vie d’« un » organisme pris isolément). Or si l’on y songe, les bactéries
biosynthétiques décrites dans cette section sont pensées comme des purs
systèmes de production, sans interaction entre eux ou avec d’autre, ce qui
est un grand écart significatif avec le monde naturel et darwinien dont on
les extrait. Cette situation quelque peu artificielle est peut-être sur le point
d’évoluer puisque plusieurs groupes en prennent conscience et plutôt que de
chercher à obtenir une bactérie exceptionnelle, s’orientent vers la conception
de « consortium microbiens » 69 incluant plusieurs espèces réalisant chacune
des sous-tâches de la fonction espérée. Même si l’on imagine les nombreuses
difficultés à résoudre (comment gérer les proportions de chacune ? comment
faire dépendre les espèces les unes des autres ? comment éviter les transferts
génétiques horizontaux ? etc.), il est intéressant de voir que celles-ci
ne repoussent pas les chercheurs qui constatent bien par ailleurs les limites
conceptuelles blotties derrière le fantasme de la « super-bactérie » qui pourrait
tout faire. Que des dynamiques écologiques et évolutives, et leur modélisation,
soient convoquées dans cet univers d’ingénieurs rêvant de précision est un
signe que l’on ne peut aussi aisément que prévu faire fonctionner le vivant
avec des lois qui ne sont pas les siennes.
Il demeure enfin un domaine où cette approche « ingénieur » peut légitimement
soulever l’enthousiasme. Adossé à l’initiative Biobricks, existe depuis
68. Cf. Chivian et al. (2008), “Environmental genomics reveals a single-species ecosystem
deep within Earth”, Science, 322(5899) @.
69. Brenner et al. (2008), “Engineering microbial consortia : a new frontier in synthetic
biology”, Trends Biotechnol., 26(9) @. Purnick & Weiss (2009), “The second
wave of synthetic biology : from modules to systems”, Nat. Rev. Mol. Cell Biol.,
10(6) @.