Les mondes darwiniens

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[pi e r r e-a l a i n b r a i l l a r d / la b iolog i e des systèm es pe ut-elle se pa s s e r d’u n e vision évo lu t i v e ?]
que les solutions seraient les mêmes dans le vivant et dans les systèmes artificiels,
ce qui justifierait les transferts de connaissance entre les deux domaines.
Leur présence dans les systèmes naturels n’a rien de mystérieux, mais
s’expliquerait par des évolutions convergentes. C’est en tout cas ce qu’imagine
Alon : « Les motifs de réseaux ont des fonctions de traitement de l’information
définies. L’avantage de ces fonctions pourrait expliquer pourquoi les mêmes
motifs de réseaux sont redécouverts par l’évolution encore et encore dans
divers systèmes. 17 »
On peut imaginer qu’à terme, il serait possible de disposer d’un ensemble
relativement limité de structures bien caractérisées fonctionnellement et que
l’on retrouverait dans tous les réseaux biologiques. Nous n’avons pas jugé
nécessaire de multiplier les exemples, mais il suffit d’ouvrir le livre d’Alon
pour comprendre que ces approches sont en train d’être étendues à d’autres
structures et modes d’organisation. Hiroaki Kitano, qui défend également ce
type d’approche, espère trouver une sorte de table périodique des réseaux
biologiques. « Bien qu’il existe un très grand nombre de topologies de réseaux
de gènes et de paramètres associés, ce n’est certainement pas infini et le
nombre de patterns utiles devrait être dénombrable. Par une analyse et une
catégorisation soigneuses, l’auteur [Kitano] s’attend à ce que quelque chose de
l’ordre d’une table périodique des réseaux biologiques puisse être créé. 18 »
Il faut insister sur le fait que ce sont les méthodes d’ingénierie qui permettent
d’expliquer la présence d’une structure sans recourir aux explications
évolutives (historiques) classiques 19 . Il n’est pas nécessaire de montrer
que la solution actuellement observée a été sélectionnée aux dépens d’une
autre, puisqu’on peut se référer directement à une sorte d’avantage absolu.
En d’autres termes, une approche théorique a remplacé une étude historique.
Le désintérêt pour les questions évolutives est donc avant tout un problème
d’ordre méthodologique, puisque tout en admettant que ces principes sont
le résultat de processus sélectifs, on pense qu’il n’est pas nécessaire de les
étudier par des approches évolutives.
17. Alon, An Introduction to Systems Biology : Design Principles of Biological Circuits,
Chapman & Hall, 2006 @, p. 41.
18. Kitano, “Looking beyond the details : a rise in system-oriented approaches in genetics
and molecular biology”, Current Genetics, 41, 2002 @, p. 8.
19. Comme nous le verrons dans la section suivante, ce recours à l’ingénierie n’est
pas nouveau en biologie, mais jusqu’à présent on le rencontrait peu en biologie
moléculaire.