Les mondes darwiniens

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[pa s c a l ta s s y / d a r w i n et la phylogénétiqu e : h i e r et aujou r d’h u i]
États-Unis, dont la 3 e édition 60 vient d’être épinglée par Morrison 61 : « La facilité
d’usage est une très bonne chose du point de vue informatique mais cela ne
devrait pas se faire au détriment de la réflexion. »
Patterson 62 avait affirmé il y a longtemps déjà que les caractères moléculaires
étaient d’essence statistique. Ils le sont devenus, en tout cas. Mais les
caractères morphologiques ? Peut-on décemment poser a priori un modèle
d’évolution pour un caractère morphologique qui s’est transformé et fixé au
hasard d’une spéciation il y a huit millions d’années dans une région quelconque
du globe ? Je ne connais pas de morpho-anatomiste qui réponde par
l’affirmative (mais certains y pensent, sans doute). La parcimonie serait donc
convenable pour la forme, l’organe, le muscle, le vaisseau sanguin, le nerf, l’os,
la dent, et non pour le nucléotide ? Qu’est-ce qui est donc en jeu dans cette
opposition : le caractère ou le processus ?
2.1 Effacement du signal et succès phylogénétiques
Le dilemme est simple. Imaginons deux groupes frères 63 . Au cours de leurs
évolutions respectives depuis leur différenciation ils ont tellement divergé
que les différentes transformations morpho-anatomiques ont apparemment
effacé le caractère qu’ils partageaient au moment de leur différenciation : il n’y
aurait alors aucun moyen d’identifier leur relation de groupes frères. Imaginons
maintenant deux groupes frères dont les taux d’évolution moléculaire sont tels
que pour les gènes étudiés les accumulations de substitutions nucléotidiques
redondantes effacent toute trace des nucléotides effectivement partagés au
moment de leur différenciation ; il n’y aurait de nouveau aucun moyen d’identifier
leur relation de groupes frères. Face à ce constat le morpho-anatomiste
retournera à ses caractères morphologiques, en cherchera d’autres, et si rien n’y
fait, il constatera la non-résolution. Le moléculariste cherchera un autre gène
qu’il espérera non saturé 64 ; mais si rien n’y fait non plus, il lui reste à utiliser la
60. Hall (2008), Phylogenetic Trees Made Easy, Sinauer Associates, Inc. @
61. Morrison (2008), Book Reviews : “Phylogenetic Trees Made Easy : A How-to Manual,
third edition, Barry G. Hall. 2008. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.
xiv + 230 pp.”, Syst. Biol., 57 @, p. 660.
62. Patterson (1987), “Introduction”, in Patterson (ed.) Molecules and morphology :
conflict or compromise ?, Cambridge UP, p. 9.
63. Deux groupes d’organismes (clades) qui descendent d’une espèce ancestrale
exclusive.
64. Gène non saturé : gène dont, pour tel ou tel site donné, les substitutions nucléotidiques
ne sont pas multiples.