Les mondes darwiniens

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[les mon des darwiniens]
est la descendance avec modification. Cependant, ce point a été âprement
discuté et les interprétations divergent 48 .
2. Selon Tassy & Barriel 49 , l’arbre est phylogénétique s’il permet une
découverte a posteriori des homologies et des homoplasies. En particulier, la
méthode de parcimonie nous permet une découverte de nos succès (homologies
secondaires de de Pinna 50 ) et de nos erreurs (homoplasies) dans ce que
nous avions supposé initialement comme caractères homologues (homologies
primaires). Cette découverte permet de déduire l’état de chaque caractère
chez chaque ancêtre hypothétique, aux nœuds de l’arbre. L’algorithme de
Wagner 51 utilisé dans les méthodes de parcimonie contemporaines 52 maximisent
ce que Farris 53 appelle l’« explanatory power », c’est-à-dire maximisent la
contiguïté des états de caractères identiques, et donc l’explication de ces états
par une ascendance commune, donc maximisent l’information phylogénétique
sur les caractères 54 ; contenu informatif que Farris démontre supérieur dans
un cladogramme que dans un phénogramme. En d’autres termes, les arbres
qui ne supposent pas un maximum d’états de caractères expliqués par l’ascendance
commune alors qu’ils pourraient le faire sont de mauvais arbres,
ou dit autrement, des arbres non optimaux.
Selon cette définition, les méthodes de distances sont incomplètes et sont
qualifiées de « pseudo-phylogénies » par Tassy & Barriel 55 . Les principaux arguments
que l’on peut généralement dégager sont :
1. Les arbres de distances ne permettent pas d’inférence in fine sur l’homologie
des caractères, puisque l’on ne travaille pas en prise directe avec leurs
48. Cf. Brower (2000), “Evolution is not a necessary assumption of cladistics”, Cladistics,
16 @. Rieppel (2005), “Popper and systematics”, Syst. Biol., 52 @.
49. Tassy & Barriel (1995), « L’homologie, l’arbre généalogique et le cladogramme : un
apologue », Bull. Soc. Zool. Fr., 120(4).
50. de Pinna (1991), “Concepts and tests of homology in the cladistic paradigm”,
Cladistics, 7 @.
51. Wagner (1961), “Problems in the classification of ferns” @, in Recent Advances In
Botany, University of Toronto Press.
52. Darlu & Tassy (1993), Reconstruction phylogénétique, Masson @, p. 79.
53. Farris (1979), “The information content of the phylogenetic system”, Syst. Zool., 28
@ ; idem (1983), “The logical basis of phylogenetic analysis” @, in Platnick & Funk
(eds.), Advances in cladistics, Vol. 2, Columbia UP.
54. Tassy (1994), « Les arbres phylogénétiques et l’ancêtre absent », in Férida &
Widlöcher (dir.), Colloque de la Revue internationale de psychopathologie, PUF.
55. Tassy & Barriel (1995), « L’homologie, l’arbre généalogique et le cladogramme : un
apologue », Bull. Soc. Zool. Fr., 120(4).