Les mondes darwiniens

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[les mon des darwiniens]
gènes 9 . Les cas 10 décrits dans la littérature sont innombrables et il n’est pas utile
de les décrire un par un. En effet, il existe aujourd’hui des données globales
sur la structure des réseaux de protéines qui démontrent sans équivoque le
manque de spécificité des protéines. Nous allons donc exposer ces résultats
globaux, nous présenterons ensuite les causes et les conséquences du manque
de spécificité des protéines en les illustrant avec des exemples précis.
Les réseaux d’interactions entre protéines ont été étudiés globalement dans
plusieurs organismes comme la levure, la drosophile ou l’homme 11 . On a tracé
les cartes de toutes les interactions qui peuvent avoir lieu dans une cellule.
Ces études des protéomes à grande échelle ne sont pas encore absolument
exhaustives, mais les résultats qu’elles apportent sont déjà tout à fait significatifs.
Les réseaux d’interactions protéiques possèdent une structure caractérisée
par une région centrale où la densité de connexions est la plus forte. Elle est
constituée par environ 10 % du nombre total des protéines qui peuvent se lier à
des centaines d’autres partenaires. À la périphérie des réseaux, la connectivité
est moins forte mais sur l’ensemble des réseaux elle est en moyenne comprise
entre 7 et 8. De ce fait, toutes les voies d’interactions protéiques, impliquées
dans le métabolisme, la signalisation ou l’expression des gènes sont interconnectées
avec de très nombreux points de contact entre elles 12 .
Ces études globales confirment donc les résultats qui avaient été obtenus
dans celles restreintes à des protéines particulières. Contrairement à ce qui
était prédit, de nombreuses protéines peuvent interagir avec de nombreux
partenaires moléculaires.
extracellulaire apportant le signal que les réactions qui le transduisent à l’intérieur
de la cellule.
9. On parle d’expression des gènes pour signifier qu’un gène est actif ou pas, c’està-dire
que la protéine qu’il code est fabriquée ou pas. Les interactions entre les
protéines du noyau de la cellule et des séquences de liaison dans l’ADN contrôlent
de phénomène d’expression génétique.
10. Le mot « spécificité » est l’un des plus utilisés dans la littérature biologique dans
des sens variés qui ne sont pas toujours précisés. Afin d’éviter tout malentendu
il faut le redéfinir. Nous nous référons au sens originel de la stéréospécificité. La
stéréospécificité implique que les molécules ne sont capables que d’interactions
uniques, ou en nombre limité, déterminées par leur structure tridimensionnelle.
11. Bork et al. (2004), “Protein interaction networks from yeast to human”, Current
Opinion in Structural Biology, 14 @.
12. Barabasi & Oltvai (2004), “Network biology : understanding the cell’s functional
organization”, Nature Reviews Genetics, 5 @. Albert (2005), “Scale-free networks
in cell biology”, Journal of Cell Science, 118 @.