Les mondes darwiniens

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[gu i llau m e lecoi ntr e / filiation]
placentaires qui sont des Eulipotyphles) et une fois en Afrique australe (les
Chrysochloridés) sans que les ancêtres respectifs de ces animaux n’aient eu une
forme de taupe. Ces convergences évolutives sont dues au fait qu’une bonne
partie des contraintes physiques que subissent les espèces sont les mêmes
partout. Ainsi, les ailes de notre échantillon ne sont pas homologues en tant
qu’ailes : on a appris à voler une fois chez les chauves-souris et une autre fois
chez les oiseaux. Ces phénomènes expliquent pourquoi, dans une matrice de
caractères, les caractères se contredisent les uns les autres ; nous avons fait
des paris sur l’homologie des caractères, mais pour certains d’entre eux nous
nous sommes trompés, sans pouvoir détecter notre erreur a priori. Cela se
produit toujours ; il n’existe pas de matrice de caractères qui ne contienne pas
de la contradiction interne. Cette contradiction entre caractères, on l’appelle
homoplasie, ou incohérence de la matrice. Un arbre donné possède une certaine
quantité d’homoplasies, ou ressemblances non héritées d’un ancêtre
commun. Ici, l’arbre b présente une homoplasie, l’aile.
L’analyse cladistique, le plus souvent suivie d’une classification phylogénétique,
permet de prendre conscience qu’une classification n’est plus un art
qui enferme son praticien dans l’autorité de son expertise, mais un démarche
scientifique qui requiert des postulats, des observations formalisées, transparentes
à tout autre classificateur ou utilisateur, des règles du jeu parmi
lesquelles l’économie d’hypothèses, des décisions explicites, et, surtout, l’exploration
d’un champ des possibles (les différents arbres possibles). En somme, la
classification phylogénétique, par l’explicitation qu’elle force, est capable de
produire de la connaissance objective, ce qui est le propre des connaissances
scientifiques.
4 Généalogie et phylogénie
En toute rigueur, aujourd’hui, une généalogie est une figure dont les liens
joignent des individus concrets, c’est-à-dire individuellement identifiés,
par des relations d’ancêtres à descendants. Ceci est particulièrement légitime
au plan empirique lorsque l’on dispose de registres d’état civil et que
les individus sont, effectivement, individuellement identifiés. Le problème
pour les naturalistes, c’est que les ancêtres sont à jamais inconnaissables :
ils ont définitivement disparu et n’ont pas laissé d’état civil. Une caractéristique
de la systématique éclectique jusque dans les années 1970 est qu’elle
confondait les relations de nature généalogique (qui descend de qui) avec les
relations phylogénétiques (qui est plus apparenté à qui que d’un troisième)