Les mondes darwiniens

655 / 1576
[t h o m a s h e a m s / de quoi la b iolog i e synthétiqu e est-elle le nom ?]
et d’autres pas. Le premier groupe recouvre de manière assez convaincante le
LMG. Mais le second est d’un particulier intérêt : il ne contient pas de gènes
essentiels à proprement parler (la cellule peut virtuellement s’en passer), mais
des gènes impliqués dans des mécanismes énergie-dépendants pour « faire de
la place » pour les fonctions essentielles, et notamment empêcher la dégradation
de leurs entités fonctionnelles. Les auteurs décrivent cette fraction du
paléome comme les gènes sans lesquels l’hypothétique cellule minimale va
inexorablement vieillir et devoir être resynthétisée en permanence. Des gènes
de lutte contre le vieillissement en quelques sorte. En ce sens, il donne une
solution potentielle à un paradoxe évoqué plus haut : l’écart observé entre le
LMG théorique et le génome effectif le plus simple connu, celui de Mycoplasma
genitalium. Par ailleurs, si on l’observe comme un réseau, le paléome est organisé
en trois sous-ensembles en fonction de la connectivité des éléments, qui
ont une cohérence : le moins net est un ensemble de gènes liés au métabolisme
intermédiaire (nucléotides, coenzymes, lipides), puis un deuxième mieux
structuré qui comprend les ARNt synthétases (enzymes de la traduction), et
enfin un groupe très connecté autour du fonctionnement du ribosome. Ces
trois sous-ensembles permettraient, selon les auteurs, de retracer une histoire
de la vie primordiale, d’abord organisée autour du métabolisme et dont le
premier groupe serait la rémanence lointaine, puis témoignant de l’apparition
et la fixation d’un code génétique (dont témoigne le second groupe) qui se
consoliderait via le système des ribosomes contenu dans le troisième 51 . Le dialogue
entre « origine de la vie » et « biologie synthétique » est donc d’une permanente
fécondité. Mais ces recherches permettent principalement de faire
rentrer dans l’âge adulte la quête de la synthèse d’une cellule vivante, pour
réfléchir à un génome minimal plus sophistiqué qu’une simple « liste de courses
». Par ailleurs, elles nous permettent de faire un pas, encore timide, vers la
dimension topologique du problème. Rien ne permet d’exclure que l’ordre des
gènes sur le chromosome bactérien – la distante relative des uns par rapport
aux autres – ne soit pas de la plus haute importance pour que l’organisme
puisse être viable, quand bien même la liste de gènes serait découverte.
C’est ici que Venter refait son apparition. Nous l’avions laissé au seuil de la
problématique du génome minimal. Il n’en est pas resté très loin cependant,
puisqu’on lui doit les résultats les plus performants en termes de synthèse
51. Danchin et al. (2007), “The extant core bacterial proteome is an archive of the origin
of life”, Proteomics, 7(6) @.