Les mondes darwiniens

577 / 1576
[pa s c a l ta s s y / d a r w i n et la phylogénétiqu e : h i e r et aujou r d’h u i]
appelle évolution » (la corroboration dont parle Rosen étant la recherche des
« solutions hiérarchiques congruentes »). Plus récemment, Brower 32 ne craint
pas d’affirmer que « les similitudes et les différences que l’on perçoit entre
organismes […] représentent la seule fondation ontologique nécessaire pour
la construction des cladogrammes », une façon de s’opposer aux adeptes de
la modélisation d’évolution des caractères en prônant le retour aux fondamentaux
: la perception (= observation) des ressemblances et des différences.
Inutile de dire que cette conception du pattern ne fut pas bien accueillie.
Que la phylogénie soit conçue comme un pattern passe encore, qu’elle se
présente comme indifférente à la plupart des concepts évolutionnistes est
plus difficile à comprendre 33 . Dès la fin des années 1970, les cladistes se subdivisèrent
en « cladistes structuraux » et « cladistes phylogénéticiens ». Les
premiers restent fort minoritaires ; parmi eux, aujourd’hui, certains élaborent
un algorithme permettant de mettre en congruence des partages de caractères
codés comme des relations de parenté, différent de l’algorithme de parcimonie
34 . Cette recherche se situe dans la sphère des idées représentées par la
« three-item analysis » (3ia) ou « three-taxon statements » (TTS) 35 qui, remettant
en cause l’universalité de l’optimisation des caractères aux nœuds à l’aide
de l’algorithme de parcimonie, fut à l’origine du plus retentissant clash dans
le petit monde des cladistes 36 . Elle est intellectuellement vive mais confidentielle.
De surcroît, elle se situe aux antipodes des méthodes fondées sur des
théories des processus, des modèles évolutifs, qui sous-tendent dorénavant la
majeure partie des travaux de phylogénie moléculaire, méthodes qu’il convient
d’aborder dans la deuxième section.
32. Brower (2000), “Evolution is not a necessary assumption of cladistics”, Cladistics,
16 @, p. 147.
33. Pour une brève histoire de la cladistique structurale, cf. notamment Tassy (2005),
Tassy (2005), « Fait et théorie : quelle connaissance de base pour la cladistique
structurale ? », in Deleporte & Lecointre (coord.), Philosophie de la systématique,
Biosystema 24 @.
34. Cao et al. (2007), NELSON05, publié par les auteurs.
35. Nelson & Ladiges (1991), “Standard assumptions for biogeographic analysis”,
Australian Systematic Botany, 4 @. Nelson & Platnick (1991), “Three-taxon statements
: a more precise use of parsimony ?”, Cladistics, 7 @.
36. Nelson (1996), Nullius in Verba, publié par l’auteur (reproduit dans Journal of
Comparative Biology, 1, 1996). Williams & Ebach (2005), “Drowning by numbers
– rereading Nelson’s ‘Nullius in Verba’”, The Botanical Review @.