Les mondes darwiniens

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[les mon des darwiniens]
1.2 Homologie primaire, homologie secondaire
Le cladiste brésilien de Pinna37 a proposé de nommer « homologie primaire
» l’observation d’un état de caractère chez différents taxons et « homologie
secondaire » le partage de cet état par tel et tel taxons sous la forme d’une
synapomorphie, à l’issue d’une procédure de type « test de congruence ». La
synapomorphie, l’homogénie et l’homologie secondaire sont, dans ce contexte,
des notions synonymes. L’avantage de l’expression de De Pinna est qu’elle sousentend
que le passage du primaire au secondaire est lié à un traitement analytique
qui ne change pas pour autant l’homologie en elle-même. L’homologie
primaire serait une conjecture de parenté : en observant le « même » caractère
chez deux organismes ou plus, on pense qu’il est possible que ce caractère est
hérité d’un ancêtre commun. L’homologie secondaire serait une théorie de
parenté, une conjecture qui a passé le test de la congruence : après analyse
cladistique exhaustive et simultanée de tous les caractères chez tous les organismes
étudiés, le « même » caractère observé se trouve être effectivement
hérité d’un ancêtre commun.
La procédure de type « test de congruence » tient de l’algorithme de
parcimonie. Ce qui est identique (au moins aux yeux du systématicien) mais
n’apparaît pas in fine comme homologie secondaire (synapomorphie) est de
l’homoplasie. Il reste que le statut de synapomorphie ou d’homoplasie conféré
aux caractères dans l’arbre n’intervient pas sur l’homologie primaire en tant
que description du caractère.
On peut affirmer sans trop de risques d’erreur que Darwin pensait en
termes d’homologie, ou d’homogénie puisqu’il intégra l’expression due à
Lankester dans la dernière édition de L’Origine. Nous ne sommes plus au cœur
du xixe siècle et même si personne parmi les phylogénéticiens d’aujourd’hui
ne soupçonne les notions darwiniennes d’ascendance commune (« common
descent »), de proximité de descendance (« propinquity of descent ») et de
degré d’ancienneté relative de l’ascendance commune (« degree of recency
of common ancestry ») d’être obsolètes, certains se demandent si la notion
d’homologie n’a pas fait son temps.
Aussi, pour clore cette première partie consacrée au pattern insistera-t-on
sur la transformation du débat. La phylogénie peut être conçue comme un
pattern de parenté mais c’est autre chose d’admettre qu’elle soit simplement
37. de Pinna (1991), “Concepts and tests of homology in the cladistic paradigm”,
Cladistics, 7 @, p. 373-374.