Les mondes darwiniens

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[a n o u k bar b e rouss e & sa r a h sa m a d i / pou rquoi et c o m m e n t formaliser la t héo r i e de l’évolution]
Insister comme nous le faisons sur la matérialité du substrat transmis lors
de la reproduction nous éloigne des conceptions de la théorie de l’évolution
qui font jouer à la notion d’information un rôle central (cf. annexe 2). Nous
estimons en effet qu’il vaut mieux se passer de cette notion en raison des
difficultés qu’elle soulève, en vertu de la méthodologie minimaliste que nous
adoptons. De même, notre approche permet d’évacuer comme non pertinentes
toutes les discussions relatives à la notion de gène et à son caractère
éminemment problématique 37 .
Une autre conséquence de ce choix théorique est qu’il nous permet de
statuer clairement sur la place des organismes unicellulaires dans le réseau
généalogique. Certains arguments, reposant principalement sur les recherches
de phylogénies moléculaires, mettent en doute l’hypothèse selon laquelle on
pourrait reconstituer un unique arbre de la vie, en particulier aux débuts de
son histoire 38 . En effet, les reconstitutions de phylogénies à partir de gènes
donnent des résultats peu lisibles sur les nœuds profonds du réseau. Il est
donc très délicat d’obtenir un arbre unique à partir des phylogénies moléculaires.
Nous répondons à ces arguments que dès que l’on quitte le « point de
vue des gènes » pour adopter, comme nous le faisons, le « point de vue des
organismes », les difficultés se dissipent. Représenter l’histoire de la vie par un
réseau généalogique d’organismes élimine en effet tous les biais introduits par
les phylogénies moléculaires et fait clairement apparaître leur origine : il n’y a
aucune raison que les arbres de gènes et les arbres d’organismes soient superposables,
entre autres à cause des transferts horizontaux de gènes 39 , qui sont
courant chez les organismes unicellulaires. Les phylogénies de gènes visent en
effet à reconstruire des degrés d’apparentement mais non des généalogies.
37. Cf. Keller (2000), The Century of the Gene, Harvard UP. Morange (1998), La part
des gènes, Odile Jacob. Moss (2003), What Genes Can’t Do, MIT Press.
38. Cf. par exemple, Woese (2000), “Interpreting the universal phylogenetic tree”,
PNAS, 97 (15) @. Doolittle & Bapteste (2007), “Pattern pluralism and the Tree of
Life hypothesis”, PNAS, 104 (7) @.
39. On appel « transfert horizontal » la transmission de parties de la molécule d’ADN
d’une bactérie à une autre par simple contact, indépendamment d’un épisode de
reproduction. Il s’oppose au transfert vertical du génome lors de la reproduction.
Alors que chez les organismes multicellulaires, la reproduction et la transmission
de gènes vont de pair, il n’en va pas de même chez les bactéries, chez qui ces deux
processus sont découplés, ce qui explique la difficulté de construire des arbres
phylogénétiques à partir de données génétiques.