Les mondes darwiniens

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[les mon des darwiniens]
de génomes entiers. Son équipe s’est d’abord attelée, comme d’autres 52 à
la synthèse de virus 53 . Puis il s’est tourné vers celle de génomes bactériens,
comme il semble l’avoir prouvé dans une série de publications décrivant la
synthèse et l’assemblage du génome entier de M. genitalium aux dépens de
celui de la levure hôte 54 . Si elle était confirmée, cette prouesse technique
montrerait surtout que l’on possède la capacité d’assemblage de grands fragments
d’ADN. Mais « refaire » M. genitalium n’est conceptuellement pas une
avancée, puisque nous savons que M. genitalium existe et « fonctionne ».
C’est cependant une innovation technologique car les génomes reconstitués,
et semble-t-il fonctionnels, pour la première fois dans l’histoire du vivant n’ont
pas de parents directs, puisqu’ils ont été synthétisés par une machine. Le véritable
enjeu reste cependant, encore et toujours, la définition de la séquence à
assembler, qui soit suffisamment inédite pour qu’on ne produise pas un simple
« copier-coller » de ce que le vivant nous offre, et suffisamment proche de
celui-ci pour être fonctionnel. Resterait alors un vaste lot de défis à relever,
comme l’insertion dans une enveloppe lipidique, le paramétrage d’un niveau
d’expression correct des protéines (qui est, on y reviendra, une illusion au
regard de la dimension aléatoire de l’expression génétique), de leur solubilité,
de leurs interactions avec la membrane, comme le souligne l’auteur de
référence Pier Luigi Luisi dans une revue prospective des nombreux obstacles
à franchir 55 . Il faut absolument garder à l’esprit que la « cellule minimale » est
un concept différent du « génome minimal ». Une cellule ne se réduit pas à
son génome, si indispensable soit-il. Certains chercheurs ne se sont-ils pas pris
au jeu d’imaginer des systèmes théoriques « lipides-peptides » sans ADN, qui
52. Cello et al. (2002), “Chemical synthesis of poliovirus cDNA : generation of infectious
virus in the absence of natural template”, Science, 297(5583) @. Tumpey et al.
(2005), “Characterization of the reconstructed 1918 Spanish influenza pandemic
virus”, Science, 310(5745) @.
53. Smith et al. (2003), “Generating a synthetic genome by whole genome assembly :
phiX174 bacteriophage from synthetic oligonucleotides”, PNAS USA, 100(26) @.
54. Lartigue et al. (2007), “Genome transplantation in bacteria : changing one species
to another”, Science, 317(5838) @. Gibson et al. (2008a), “Complete chemical
synthesis, assembly, and cloning of a Mycoplasma genitalium genome”, Science,
319(5867) @. Gibson et al. (2008b), “One-step assembly in yeast of 25 overlapping
DNA fragments to form a complete synthetic Mycoplasma genitalium genome”,
PNAS USA, 105(51) @.
55. Luisi et al. (2006), “Approaches to semi-synthetic minimal cells : a review”,
Naturwissenschaften, 93(1) @.