Les mondes darwiniens

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[véron iqu e bar r i e l / caractèr e]
Mais certains points d’interrogation sont le reflet d’une stratégie de codage
des caractères. Ainsi, dans le cas des caractères décrivant la région naso-maxillaire
des hominoïdes, les caractères 2 et 3 ne sont pertinents que si les taxons
présentent l’état 2 pour le caractère 1. Dans ce cas, il est possible d’introduire
des « ? » pour les caractères 2 et 3 lorsque le canal incisif n’existe pas ou est
très large, c’est-à-dire pour les taxons ayant l’état 0 et l’état 1 pour le caractère
1 (extragroupes, Hylobatidae et Gorilla). Le codage devient alors :
1 2 3
extragroupes 0 ? ?
Hylobates (A) 0 ? ?
Pongo (D) 2 1 0
Pan (C) 2 0 0
Gorilla (B) 1 ? ?
Homo (E) 2 0 1
Si l’on regarde la distribution des caractères sur l’arbre final obtenu avec
l’ensemble des caractères morphologiques, l’optimisation des « ? » se fait en
0, que les caractères soient traités de manière ordonnée ou non ordonnée.
Le scénario phylogénétique montre un rapprochement du prémaxillaire et
du maxillaire entraînant la formation d’un canal incisif étroit (caractère 1 à
l’état 2) chez les Hominidae. Ce canal devient très étroit chez Pongo par un
chevauchement marqué du prémaxillaire sur le maxillaire (caractère 2 à l’état
1), tandis que chez Homo le prémaxillaire se redresse verticalement (caractère
3 à l’état 1). L’optimisation en 000 chez Hylobates et 100 chez Gorilla implique
que le canal incisif reste plus ou moins large, sans introduction de pas supplémentaires
liés au codage. L’utilisation des « ? » permet de mettre en relation
la forme et le nombre de pas 30 .
6 Caractère et état de caractère
Souvent considérés comme synonymes, ces deux termes recouvrent en réalité
des notions différentes qui vont influer sur le « codage » des caractères.
Il y a presque quinze ans, un article31 fut publié dans la revue Cladistics et
réalisait une mise au point des différentes stratégies de codage utilisées dans
30. Barriel & Tassy (1993), “Characters, observations and steps : comment on Lipscomb’s
‘Parsimony, homology and the analysis of multistate characters’”, Cladistics, 9 @.
31. Pleijel (1995), “On character coding for phylogeny reconstruction”, Cladistics, 11.