Les mondes darwiniens

228 / 1576
[les mon des darwiniens]
la communauté scientifique en morphologie, ainsi que la formalisation d’une
nouvelle méthode proposée par l’auteur.
Considérons un groupe d’organismes (5 taxons A, B, C, D et E) possédant
ou ne possédant pas une certaine structure X qui apparaît elle-même sous
deux formes (ronde et carrée) et avec deux pigmentations différentes (noire
et rayée) (figure 4 Þ).
Figure 4. Observations de la structure X pour 5 taxons (A, B, C, D et E). La structure X est
absente chez A, ronde et noire chez B, ronde et rayée chez C, carrée et noire chez D et carrée
et rayée chez E (d’après Pleijel, 1995, “On character coding for phylogeny reconstruction”,
Cladistics, 11).
Ces observations peuvent être codées de différentes façons :
Codage n° 1 : l’ensemble des observations est traité comme un seul caractère
à états multiples pour lequel on met en évidence 5 états tous liés.
caractère 1 (structure X) : absente (0), ronde et noire (1), ronde et rayée (2), carrée
et noire (3), carrée et rayée (4).
Ce codage en un unique caractère minimise le lien entre les transformations.
Si le caractère est traité de manière non additive, il faut 1 pas pour passer
d’une forme à une autre, quelle qu’elle soit.
Codage n° 2 : les attributs de forme et de pigmentation sont traités comme
2 caractères à états multiples indépendants.
caractère 1 (forme de la structure X) : absente (0), ronde (1), carrée (2).
caractère 2 (pigmentation de la structure X) : absente (0), noire (1), rayée (2).
Dans ce cas, les taxons qui ne possèdent pas la structure X (taxon A) c’està-dire
ni forme, ni pigmentation sont codés deux fois : il faut donc 2 pas pour
acquérir ou perdre la structure. De la même manière, certaines transformations
sont plus coûteuses (2 pas pour B-E et C-D) que d’autres (1 pas BC, BD, CE,
DE). L’absence de la structure X est un des états du caractère 1 mais également
du caractère 2 (l’absence se retrouve ainsi pondérée deux fois).
Codage n° 3 : le codage est hiérarchisé et les attributs de forme et de pigmentation
sont traités comme 2 caractères binaires indépendants et un caractère
supplémentaire est ajouté pour rendre compte de la présence ou non
présence de la structure.