Les mondes darwiniens

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[les mon des darwiniens]
les gaps sont traités comme des données manquantes « ? » qui seront optimisées
à l’aide des autres régions. Cette stratégie permet de conserver ces
régions, mais au final, ce codage en « ? » ne tient pas compte de l’information
apportée par les événements d’insertion/délétion. Dans de rares cas, les gaps
sont considérés comme des événements phylogénétiques et codés comme
des états de caractère 36 selon différentes procédures 37 associés parfois à des
traitements automatisés 38 , que nous ne développerons pas ici. Le choix de la
stratégie de traitement des gaps a évidemment une influence non négligeable
sur le résultat final, le cladogramme qui sera retenu. Pour certains auteurs,
les indels de plusieurs nucléotides semblent correspondre, par rapport aux
mutations ponctuelles, à des événements complexes dont l’homologie est
plus facile à mettre en évidence 39 . Les indels sont de plus en plus considérés
comme de « bons » caractères porteur d’une information phylogénétique non
négligeable 40 .
36. Bourgoin et al. (1997), “Molecular phylogeny of Fulgoromorpha (Insecta,
Hemiptera, Archaeorrhyncha). The enigmatic Tetttigometridae : evolutionary affiliations
and historical biogeography”, Cladistics, 13 @. Bapteste & Philippe (2002),
“The potential value of indels as phylogenetic markers : position of Trichomonads
as a case study”, Molecular Biology and Evolution, 19 @. Raymundez et al. (2002),
“Coding of insertion-deletion events of the chloroplastic intergene atpß-rbcL for
the phylogeny of the Valerianeae tribe (Valerianaceae)”, C.R. Biologies, 325 @.
37. Barriel (1994b), « Phylogénies moléculaires et insertions-délétions de nucléotides
», Comptes rendus de l’Académie des sciences Paris, Série III (Sciences de la
vie), 317. Wheeler (1999), “Fixed character states and the optimization of molecular
sequence data”, Cladistics, 15 @. Simmons & Ochoterena (2000), “Gaps
as characters in sequence-based phylogenetic analysis”, Systematic Biology, 49.
Lutzoni et al. (2000), “Integrating ambiguously aligned regions of DNA sequences
in phylogenetic analysis without violating positional homology”, Systematic
Biology, 49 @. Geiger (2002), “Stretch coding and block coding : two new strategies
to represent questionably aligned DNA sequences”, Journal of Molecular
Evolution, 54 @.
38. Young & Healy (2003), “GapCoder automates the use of indel characters in phylogenetic
analysis”, BMC Bioinformatics, 4 @.
39. Lloyd & Calder (1991), “Multi-residue gaps, a class of molecular characters with
exceptional reliability for phylogenetic analysis”, Journal of Evolutionary Biology,
4 @.
40. Gatezy et al. (1993), “Alignment-ambiguous nucleotide sites and the exclusion
of systematic data”, Molecular Phylogenetics and Evolution, 2 @. Lee (2001),
“Unalignable sequences and molecular evolution”, Trends in Ecology & Evolution,
16 (12) @. Geiger (2002), “Stretch coding and block coding : two new strategies to
represent questionably aligned DNA sequences”, Journal of Molecular Evolution,