Les mondes darwiniens

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[les mon des darwiniens]
en comble, mais vont se voir adjoindre, et éventuellement retrancher 59 , un
nombre limité de gènes dont l’effet pourra, lui, être spectaculaire. C’est pourquoi
cette branche de la biologie synthétique souffre d’une relative ambiguïté
de définition. Selon qu’on s’accordera ou non sur le caractère « spectaculaire »
de l’effet phénotypique – ce qui contient une indéniable dimension subjective
–, on pourra considérer que la construction ressortit ou non à la biologie
synthétique ou au classique génie génétique, indépendamment de l’ampleur
de la modification génétique. De sorte que selon certains critères, un grand
nombre de réalisation en biologie synthétique sont déjà disponibles, alors que
selon d’autres, ils se comptent sur les doigts des deux mains.
Cette biologie synthétique s’est développée sous l’impulsion enthousiaste
de Drew Endy 60 qui est un des cofondateurs de l’initiative BioBricks, avec Tom
Knight et Christopher Voigt. Cette initiative est en fait un répertoire, librement
accessible en ligne, de fonctions et des gènes qui les accomplissent, en parfait
accord avec la vision « programmiste » évoquée ci-dessus 61 . L’idée sous-jacente
est que grâce à cette « déconstruction » du vivant, il sera virtuellement possible
d’assembler ces briques, de les hiérarchiser et de les intégrer dans une bactérie
ou une levure, pour lui faire réaliser une fonction « à la demande ». Ainsi donc,
il faut souligner fortement qu’avec ce désir de « carrosser » des organismes,
on s’éloigne radicalement du fonctionnement darwinien par lequel les lignées
acquièrent leur caractéristiques via le jeu du hasard et de la sélection. Ici, la
stratégie mise en œuvre pour adapter un organisme à une situation ou plutôt
une fonction voulue est d’orienter intentionnellement la cellule modifiée, via
une ingénierie a priori de son contenu en gènes. On reviendra plus loin sur les
présupposés et implications épistémologique de cette vision du vivant.
Quelles sont les réalisations de cette biologie synthétique ? Pour le dire
trivialement : est-ce que « ça marche » ? Un certain nombre de publications
l’attestent sans contestation possible. Dès 2000, un oscillateur cellulaire synthétique
est rendu public, dans lequel trois gènes s’inhibant de manière circulaire
aboutissent à l’expression oscillatoire d’une protéine fluorescente 62 dans
une bactérie qui ne possédait évidemment pas cette propriété initialement.
59. Pósfai et al. (2006), “Emergent properties of reduced-genome Escherichia coli”,
Science, 312(5776) @.
60. Endy (2005), “Foundations for engineering biology”, Nature, 438(7067) @.
61. Knight (2005), “Engineering novel life”, Mol. Syst. Biol., 1 @. Voigt (2006), “Genetic
parts to program bacteria”, Curr. Opin. Biotechnol., 17(5) @.
62. Elowitz & Leibler (2000), “A synthetic oscillatory network of transcriptional regu-