Les mondes darwiniens

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[les mon des darwiniens]
En conclusion, pour les différentes observations (figure 4), quatre codages
peuvent être appliqués aux mêmes observations. Les matrices correspondantes
indiquées ci-après montrent clairement l’impact du choix qui sera fait à la
fois en terme d’hypothèses d’homologie, de transformations (d’une forme en
une autre) et en termes de coût (nombre de pas).
Codage n°1 Codage n°2 Codage n°3 Codage n°4
Taxon A 0 0 0 0 ? ? 0 0 0 0 0
Taxon B 1 1 1 1 0 0 1 1 0 1 0
Taxon C 2 1 2 1 0 1 1 1 0 0 1
Taxon D 3 2 1 1 1 0 1 0 1 1 0
Taxon E 4 2 2 1 1 1 1 0 1 0 1
Le traitement des caractères morphologiques continue de susciter des
discussions entre scientifiques. L’absence/présence d’un état, les données
manquantes (les fameux « ? »), les caractères à états binaires ou bien multiples,
les morphoclines, la pondération des transformations sont toujours
d’actualité 33 .
7 Le caractère moléculaire
Comme nous l’avons vu, le caractère est un attribut qui se décline sous un
ou plusieurs états pour les taxons de l’analyse. Le succès rencontré par les
phylogénies dites moléculaires, de séquences nucléotidiques ou protéiques,
tient principalement à l’objectivité même des caractères : une séquence est
33. Mabee & Humphries (1993), “Coding polymorphic data : examples from allozymes
and ontogeny”, Systematic Biology, 42 @. Maddison (1993), “Missing data
versus missing characters in phylogenetic analysis”, Systematic Biology, 42 @. Gift
& Stevens (1997), “Vagaries in the delimitation of character states in quantitative
variation - An experimental study”, systematic biology, 46 @. Poe & Wiens (2000),
“Character selection and the methodology of morphological phylogenetics” @, in
Wiens (ed.), Phylogenetic analysis of morphological data, Smithsonian Institution
Press. Wagner (ed.) (2001), The character concept in evolutionary biology, Academic
Press. Wiens (2001), “Character analysis in morphological phylogenetics : problems
and solutions”, Systematic Biology, 50 @. Kearney (2002), “Fragmentary taxa,
missing data, and ambiguity : mistaken assumptions and conclusions”, Systematic
Biology, 51 @. Rieppel & Kearney (2002), “Similarity”, Biological Journal of the
Linnean Society, 75 @. Kirchoff et al. (2004), “Complex data produce better characters”,
Systematic Biology, 53 @. Freudenstein (2005), “Characters, states, and
homology”, Systematic Biology, 54 @. Sereno (2007), “Logical basis for morphological
characters in phylogenetics”, Cladistics, 23 @, et Wiley (2008), “Homology,
identity and transformation”, in Arratia et al. (eds.), Mesozoic fishes 4. Homology
and phylogeny, Verlag, entre autres.