4. Uluslararası Beyaz Et Kongresi

Bulgular
İncelenen örneklerde IonTorrent sistemi ile toplam 807.442 16S rDNA dizisi okundu. Yüzelli
bazın ve 10 tekrarın altında olanlar elendikten sonra 684.085 okuma metagenomik analize
alındı ve bunların 490.615’sı haritalandırılarak adlandırıldı. Ölü ve sağlıklı civciv sekumlarına
ait mikrobiyomun konsensusa göre sınıf düzeyindeki taksonları ve toplam okumadaki oranları
Şekil 1’de, familya düzeyindeki bulgular Şekil 2’de gösterilmiştir. Buna göre sağlıklı civcivlerde
%65 oranında bulunan Clostridia sınıfının ölü civcivlerde %5’e düştüğü, %26 oranında bulunan
Proteobacteria sınıfının %94e’ yükseldiği saptandı. Ölü ve normal civcivlerde Ersipelotrichia
ve Bacilli sınıflarının oranları sırasıyla %0.3-3 ve %0.6-7 bulundu. İncelenen civcivlerde Bacilli,
Erysipelotrichia, Proteobacteria ve Clostridia sınıflarına ait sırasıyla 3, 1, 1 ve 4 familya
belirlendi. İki familya dışında tüm familyalar %5’in altında okundu. Buna karşın sağlıklı
civcivlerde %62 oranında bulunan Lachnospiraceae ailesinin ölü civcivlerde %3 düştüğü, %26
oranında bulunan Gammaroteobacteria ailesinin %94e’ yükseldiği saptandı.
Şekil 1. Konsensusa göre ölü ve normal civciv sekumlarında bulunan bakteri sınıfları ve %
oranları.
Şekil 2. Konsensusa göre ölü ve normal civciv sekumlarında bulunan bakteri aileleri ve %
oranları.
402