4. Uluslararası Beyaz Et Kongresi

P 23 16S rDNA Değişken Bölgelerinin Kanatlı Kökenli Aerobik Bakteri
Taksonlarını Ayrım Düzeylerinin Değerlendirilmesi
K. Serdar Diker, Yörük Divanoğlu, Tuğçe Yıldırır, H. Kaan Müştak
Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye
Özet
Yeni nesil sekans ile (IonTorrent) metagenomik analizde farklı 16S rDNA değişken bölgelerinin
bakteri identifikasyonundaki rolleri, deneysel olarak hazırlanmış kanatlı kökenli karışık bakteri
kültüründe incelendi. Bunun için, rutin teşhis laboratuvarında 2001-2015 yılları arasında, kanatlı
iç organ ve altlık materyalinden izole edilen farklı taksonomik düzeydeki aerobik bakterileri
değişen konsantrasyonlarda içeren bir karışım kullanıldı. Metagenomik analizde, 6 farklı 16S
rDNA bölgesine dayanan 150 baz okuma uzunluğu, minimal 10 okuma sayısı, %99 tür ve %97
cins homoloji eşiği değerlendirmeye alındı. Konsensus sonuçlarına göre bakteriyel karışımda 3
filum, 4 sınıf, 9 takım ve 14 familyaya bağlı 25 cins ve 34 tür belirlendi. Deneysel karışıma katılan
tüm cinsler metagenomik analizde ayırt edildi. Yeni nesil sekansta farklı primer bölgelerinin
bakteri identifikasyonundaki etkinliği incelendiğinde, v2, v3, v4, v67, v8 ve v9 bölgelerinin
sırasıyla 13, 16, 3, 9, 5 ve 5 türün ve sırasıyla 8, 13, 3, 6, 5 ve 5 cinsin identifikasyonunda yer
aldığı belirlendi. Geçerli okumalarda v2, v3, v4, v67, v8 ve v9 bölgelerini hedefleyen primerlerin
payı sırasıyla %8.9, %34.7, %11.8, %12.6, %14.2 ve %17.5 olarak bulundu. Ayrıca, tür, cins ve
familya düzeyindeki her bir bakteri taksonunun farklı 16S rDNA bölgelerine göre hangi oranda
saptanabildikleri belirlendi.
Giriş
Kanatlı hayvanlarda görülen bakteriyel hastalıkların erken ve doğru teşhisi gerek tedavi gerekse
hastalıkların önlenmesinde oldukça önemlidir. Bu amaçla kullanılan klasik bakteriyolojik
yöntemlere nazaran moleküler yöntemler daha hızlı ve objektif sonuç vermektedir (1).
Moleküler yöntemler içerisinde genellikle PCR tabanlı ve tür/cins spesifik farklı hedef gen/lerin
kullanıldığı yöntemler çoğunluktadır. Bakteri ribozomunda yer alan 16S rDNA ise bakteriyel
teşhiste ve filogenetik analizlerde kullanılan önemli bir hedef gen bölgesidir. 16S rDNA’ya
bu özelliğini veren bu operonun evrimsel açıdan oldukça korunmuş olması, bir diğer değişle
mutasyon oranının genom içerisindeki diğer bölgelere nazaran oldukça düşük olmasıdır. 16S
rDNA geninin klasik Sanger yöntemiyle dizilenerek elde edilen verinin GenBank’taki dizilerle
karşılaştırılması gerek teşhis gerekse bakteriyolojik teşhisin doğrulanması amacıyla birçok
referans laboratuvarında altın standart yöntem olarak kullanılmaktadır (3).
16S rDNA bakteri türlerinde değişmekle birlikte yaklaşık 1500 bp uzunluktadır. Mutasyon oranı
düşük olan bu 1500 nükleotid içerisinde yer alan bazı bölgeler tür spesifik olup bu bölgelerin
nükleotid dizileri tür içinde aynı iken türler arası oldukça değişkenlik göstermektedir. Değişkenlik
gösteren bu 9 adet farklı uzunluktaki bölge (v1-v9)’lerin teşhis açısından ayırım gücü farklılık
göstermektedir (2). Bu çalışmada kanatlı hayvan iç organ ve kümes altlıklarından izole edilen
farklı bakterilerin teşhisi için bu 9 değişken bölgenin ayrım gücünün belirlenmesi amaçlanmıştır.
560