4. Uluslararası Beyaz Et Kongresi

P 34 Broilerlerde Bağırsak Mikrobiyomunun Gelişimi
K.Serdar Diker, Seyyide Sarıçam, Tuğçe Yıldırır, Mehmet Akan
Ankara Üniversitesi, Veteriner Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye
Özet
Bu çalışmada broiler sekum mikrobiyomundaki bakteri taksonlarının dinamik gelişiminin
izlenmesi ve mikrobiyomun yerleştiği zamanın saptanması amaçlandı. Civciv sekum
içeriklerindeki bakterilerin 16S rDNA dizileri İon Torrent yeni nesil sekans sistemi ile saptandı
ve metagenomik analizle incelendi. İki günlük civcivlerde aile, cins ve türleri kapsayan toplam
67 OTU bulunurken, 14 günlüklerde 316, 21 günlüklerde 322 OTU bulundu. 14. güne kadar
sekum mikrobiyomuna yeni 15 aile, 81 cins ve 138 tür eklendiği görüldü. On dördüncü günde
21. güne geçişte aile ve cins düzeyinde 2’şer OTU azalma olurken, tür düzeyinde 10 yeni OTU
eklendiği belirlendi. Sonuç olarak, broiler sekum mikrobiyomunun 14. günde büyük oranda
yerleştiği belirlendi.
Giriş
Son yıllarda bağırsaktaki mikroorganizmaların tümünün ifadesi olan mikrobiota ve tüm
genomların ifadesi olan mikrobiyom; hekimliğin en dinamik konuları içine girmiştir (1,2,3).
Bu ilgi mikrobiyom ile birçok fizyolojik olay ve hastalıklar arasında ilişkili kurulmasından
kaynaklanmaktadır (4). Bu olaylar ile mikrobiyom arasında ilişki kurulabilmesi için hayvanların
farklı gelişme dönemlerindeki normal bakteri kompozisyonlarının bilinmesi gerekmektedir.
Bu nedenle bu çalışmada, broiler sekum mikrobiyomundaki bakteri taksonlarının dinamik
gelişiminin izlenerek, mikrobiyomun yerleştiği zamanın saptanması amaçlandı.
Materyal ve Metot
Özel bir infeksiyondan kaynaklanan sağlık sorunları bulunmayan bir işletmedeki broilerlerden 2.,
14. ve 21. günlerde sekum içerikleri toplandı. Sekum içerikleri fiziksel olarak hazırlandıktan sonra
total DNA ekstraksiyonu yapıldı. Bu örnekler 16S metagenomik kit ile PCR amplifikasyonundan
sonra Ion Torrent yeni nesil sekans sistemine yüklendi ve 16S rDNA dizileri okundu. Dizilerin
metagenomik analizi Ion Reporter programı ile minimal 150 baz ve 10 tekrar okuma eşiğine göre
yapıldı. Yaş gruplarından elde edilen %97 ve %99 (+0.2) homoloji sınırı içinde haritalandırılmış
okumalara göre operasyonel taksonomik üniteler (OTU) belirlendi.
Bulgular
Bu çalışmanın bulguları Ion Torrent sistemi ile okunan toplam 5.343.467 ham, 3.850.455 geçerli
ve 2.743.121 haritalandırılmış 16S rDNA dizisinden elde edildi. Broiler sekum mikrobiyomunda
aile, cins ve tür düzeyindeki OTU sayıları Şekil 1’de gösterilmiştir. Buna göre 2 günlük
civcivlerde aile, cins ve türleri kapsayan toplam 67 OTU bulunurken, bu sayı 14 günlüklerde
316, 21 günlüklerde 322 oldu. Yaş gruplarında ortak olan veya sadece o yaş grubunda saptanan
OTU’ler Tablo 1’de gösterilmiştir. Buna göre 2 günlük civcivlerde görülen 2 cins ve 3 tür 14
günlüklerde görülmezken, 14. güne kadar sekum mikrobiyomuna yeni 15 aile, 81 cins ve 138
615