4. Uluslararası Beyaz Et Kongresi

S 43 Gelişme Geriliği İle İlişkili Broiler Sekum Mikrobiyomunun
Metagenomik Analizi
İnci Başak Kaya 1 , K. Serdar Diker 1 ,Okan Elibol 2 , Mehmet Akan 1
1
Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı,
2
Ankara Üniversitesi Ziraat Fakültesi Zootekni Bölümü, Türkiye
Özet
Beklenen ağırlığın ortalama 4 gün gerisinde olan 14 günlük deneysel bir broiler sürüsündeki
piliçlerin sekum mikrobiyomu 16S metagenomik kit kullanılarak yeni nesil sekans (IonTorrent)
ile belirlendi. Metagenomik analizin konsensus sonuçlarına göre 7 filuma bağlı, 13 sınıf,
18 takım, 40 familya, 32 cins ve 30 tür belirlendi. Kantitatif olarak konsensusun %99’unun
Firmicutes, %0.9’unun Proteobacteria, geri kalanın Actinobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria,
Synergistetes ve Tenericutes filumlarına ait olduğu bulundu. Firmicutes filumu içinde Clostridia
sınıfı %51, Erysipelotrichia %42, Negativicutes %4 ve Bacilli %2 oranında saptandı. Tüm
prokaryotlar ve Firmicutes’ler içinde en yüksek oranda bulunan türler ise %28 ile Clostridium
spiroforme, %9 ile Faecalibacterium prausnitzii ve %3 ile Ruminococcus torques oldu. Ayrıca
probiyotik özellikleri bilinen 6 Lactobacillus türü oldukça düşük düzeylerde bulundu. Hayvanlarda
görülen sekum disbiyozisinin iota toksin üreten C. spiroforme’den kaynaklanabileceği ve F.
prausnitzii ve Lactobacillus gibi yararlı bakterilerin mikrobiyatayı düzeltebileceği düşünüldü. Bu
dengesizliğe neden olduğu düşünülen diyet maddeleri çıkartılıp yararlı bakterileri çoğaltacak yem
maddeleri katıldığında hayvanların bir süre sonra normal ağırlık artışını yakaladıkları görüldü.
Anahtar kelimeler: broiler, mikrobiyom metagenomik, sekum
Giriş
Moleküler biyoloji alanındaki teknolojik gelişmeler, yakın zamana kadar güçlükle yapılan
metagenomik analizleri daha kısa sürede, daha az iş gücü ve maliyetle gerçekleştirilebilir hale
getirmiştir. Bu amaçla kullanılan yeni nesil DNA dizi analiz sistemleri, hiçbir konvansiyonel
kültür veya her bir mikroorganizma için ayrı ayrı işlem yapmadan, herhangi bir ortamdaki onlarca
farklı mikroorganizma taksonunun belirlenebilmesine, amplifikasyon ve okuma aşamalarında
farklı mekanizmalar kullanarak olanak sağlamaktadır (1).
Geliştirilen bu yeni teknolojiler ile son yıllarda mikrobiyom kavramı önemi ve popülaritesi artan
konulardan biri haline gelmiştir. Bu mikrobiyal popülasyonun vücudun bazı fizyolojik olayları
üzerindeki etkisi ve hastalıklar ile ilişkisi hipotez edilmiştir. Sayıları son birkaç yıldır hızla
artan çalışmalar, insanlarda obeziteden otizme, metabolik hastalıklardan otoimmun hastalıklara
kadar çeşitli durumlar ile mikrobiyom ilişkisini ortaya koymaya başlamıştır (1). Aynı şekilde
hayvanlarda da hastalıkların, beslenme ve buna bağlı olarak bağırsak mikrobiyomu ile yakın
ilişki olduğu araştırılmaktadır (2). Bu çalışmada, gelişme geriliği bulunan broyler tavuklarında
sekum mikrobiyomunun gelişme ile ilişkisi incelendi.
404