4. Uluslararası Beyaz Et Kongresi

Tablo 1. Bakteri kokteyline konulan kültürlerin metagenomik analiz sonuçlarının
karşılaştırılması.
Gram pozitif
Gram negatif
Konulan Bulunan Konulan Bulunan
Corynebacterium sp. C.amycolatum Bordetella avium B.avium
C.auriscanis
B.hinzii
C.xerosis Citrobacter sp. C.youngae
Bacillus sp. B.licheniformis Enterobacter sp. E.cloacae
Listeria ivanovii L.ivanovii E.gergoviae
Staphylococcus aureus S.aureus E.oryzendophyticus
Staphylococcus epidermidis S.epidermidis Escherichia coli E.coli
Staphylococcus sp. S.felis E.vulneris
S.delphini
E.albertii
S.chromogenes Klebsiella pneumoniae K.pneumoniae
S.gallinarum
K.varicola
Streptococcus sp S.canis Salmonella enterica S.enterica
S.equinus Serratia sp. S.fonticola
S.ovis
S.quinivorans
Pseudomonas aeruginosa P.aeruginosa
Tartışma ve Sonuç
Elde edilen sonuçlar 16S rDNA operonunun bakteriyel tiplendirmedeki üstünlüğünü bir kez
daha ortaya koydu. Özellikle konvansiyonel yöntemler ile cins düzeyinde tanımlanabilen
bakterilerin 16S rDNA dizi analizi ile tür düzeyinde isimlendirilmeleri yapılmıştır (Tablo 1).
Bununla birlikte yeni nesil dizi analizi yönteminin kullanıldığı metagenomik analiz ise bazı
cinsler içerisinde birden çok türün varlığını %97-99 oranında benzerlik indeksiyle ortaya
konmuştur. 16S rDNA operonunun hedeflendiği metagenomik analizde 9 değişken bölge
içerisinde en çok bakteri taksonunu (cins ve tür düzeyinde) saptayan bölgenin 16 adet tür ve 13
adet cinsi belirleme kapasitesiyle v3 bölgesi olduğu belirlendi. v3 bölgesinin %34.7 oranında
geçerli okuma sağladığı ve dolayısıyla bu bölgenin elde edilen verilere dayanarak bakteriyel
tiplendirmede kullanılabilecek spesifitesi en yüksek bölge olduğu belirlendi. Bu sonuca
dayanarak 16S rDNA operonunun tamamına gerek duyulmadan sadece v3 bölgesinin hedef
alındığı dizi analizi tabanlı yöntemler ile kısa sürede ve yüksek spesifitede sonuç alınabileceği
gösterilmiş oldu. Konvansiyonel bakteriyolojik yöntemler ile izolasyonu ve isimlendirilmesi zor
ve uzun süren bakterilerin teşhisinde direkt materyalden çalışmaya olanak sağlaması ve yaklaşık
3 gün içerisinde sonuç vermesi açısından oldukça avantajlı olan 16S rDNA metagenomik
analizi diğer moleküler ve konvansiyonel yöntemlere kıyasla kanatlı teşhis laboratuvarlarında
kullanılabilecek oldukça üstün bir yöntem olduğu söylenebilir. Sadece hedeflenen bakterinin
dışında, herhangi bir materyaldeki toplam bakteri yükünü ve taksonlarını ortaya koyması
yöntemin diğer bir üstünlüğüdür.
562