4. Uluslararası Beyaz Et Kongresi

P 33 Broiler Bağırsak Mikrobiyomunda Bütirat Üreten Bakterilerin
Metagenomik Analizi
K.Serdar Diker, Tuğçe Yıldırır, Barışhan Doğan, Mehmet Akan
Ankara Üniversitesi, Veteriner Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye
Özet
Bu çalışmada 16S metagenomik analizle sağlıklı broiler bağırsağında bulunan bütirat üretici
bakterilerin sayısı ve yoğunluğunun belirlenmesi amaçlandı. Firmicutes filumu içinde bütirat
üreten familya düzeyinde 5 OTU, cins düzeyinde 22 OTU ve tür düzeyinde 47 OTU belirlendi.
Bütirat üreten bakterilerin tüm mikrobiyom içindeki toplam yüzde oranları 29.31 olarak belirlendi.
Clostridiaceae, Eubacteriaceae, Lachnospiraceae, Ruminococcaceae familyaları bütirat
üreten bakterilerin büyük çoğunluğunu kapsadı. Bağırsak mikrobiyomunda relatif yüzde sıklığı
en yüksek olan cins %13.6 ile Faecalibacterium, en yüksek olan tür %13.6 ile Faecalibacterium
prausnitzii olarak bulundu. Sonuçta, sağlıklı broiler yetiştiriciliğinde butirat üretici bakterilerin
takson ve relatif sıklık açısından yoğun olarak bulunduğu, ve bu fonksiyonel grubun idamesinin
kanatlı sağlığı için önemli bir unsur olduğu kanısına varıldı.
Giriş
Bütirat üreten bakteriler kanatlı bağırsak sağlığı açısından anahtar role sahip mikroorganizmalardır
(1). Bu bakterilerin tümü Firmicutes filumuna bağlıdır ve çoğu klostridial küme IV ve XIV içinde
yer alır (2,3). Küme I ve XVI içindeki bakterilerin de daha az oranda bütirat üretmektedirler. Bu
kümeler içinde en sık bulunan ve en yoğun üretici taksonların Faecalibacterium, Eubacterium
ve Roseburia cinsleri olduğu bildirilmiştir (4,5). Son yıllarda bağırsak mikrobiyomunun sağlık
üzerindeki etkisine yoğunlaşan çalışmalar, bu ilişkide birincil rolü bakteriyel bütirat üretiminin
oynadığını göstermiştir (6,7). Bütiratın bağırsak dolayısıyla hayvan sağlığını çeşitli yollarla
düzenlediği bulunmuştur (1,4). Buna göre bütirat, bağırsak epitel hücreleri ve bakteriler için
enerji kaynağıdır. Bu hücrelerin korunması ve yenilenmesi açısından değer taşırken yemden
yararlanmayı ve performansı arttırır. Bütirat proinflamatuar sitokin sentezini engellerken,
zararsız bakterilere karşı tolerans gelişimine ve bağışıklık uyarımına katkı sağlar. Bu çalışmada
16S metagenomik analizle sağlıklı broiler bağırsağında bulunan bütirat üretici bakterilerin sayısı
ve yoğunluğunun belirlenmesi amaçlandı.
Materyal ve Metot
Özel bir infeksiyondan kaynaklanan sağlık sorunları bulunmayan bir broiler işletmesine ait
broilerlerin sekum içerikleri toplandı. Bir saat içinde sekum içeriklerindeki kaba maddeler
uzaklaştırıldıktan sonra, örneklerden total DNA çıkartıldı. Bu örnekler 16S metagenomik kit ile
PCR amplifikasyonundan sonra Ion Torrent yeni nesil sekans sistemine yüklendi ve 16S rDNA
dizileri okundu. Dizilerin metagenomik analizi Ion Reporter programı ile minimal 150 baz ve
10 tekrar okuma eşiğine göre yapıldı. Tür düzeyinde tanımlama için >%99, cins düzeyinde
tanımlama için %97-99 ve familya düzeyinde tanımlama için