4. Uluslararası Beyaz Et Kongresi

P 36 Ticari Broiler ve Free-Range Tavuklarda Bağırsak Mikrobiyomunun
Karşılaştırılması
K.Serdar Diker, İnci Başak Kaya, Ebru Torun, Mehmet Akan
Ankara Üniversitesi, Veteriner Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye
Özet
Bu çalışmada ticari broiler ve free-range tavukların bağırsak mikrobiyomlarının karşılaştırılması
ve sağlık açısından değerlendirilmesi amaçlandı. 16S metagenomik analiz sonucunda, ticari
broilerlerde saptanan 6 filum içinde Firmicutes %95 relatif sıklık ile ilk sırayı alırken, freerange
tavuklarda sıklık 3 major filum içinde dağıldı (Firmicutes %31.9, Bacteroidetes %29.8,
Proteobacteria %25.8). %0.1’in üzerinde relatif sıklıkta, sadece ticari broilerlerde bulunan cins
düzeyinde 27 OTU, sadece free-range tavuklarda bulunan 17 OTU ve her iki grupta ortak olarak
bulunan 6 OTU belirlendi. Sonuç olarak, ticari broiler mikrobiyomunda metabolizma ve sağlık
açısından yararlı bakteriler baskınken, free-range tavukların sağlıksız bir mikrobiyoma sahip
oldukları anlaşıldı.
Giriş
“Free-range” veya “gezinen” tavuk fenomeni, kanatlı sektörünün tartışmalı ve önemli
gündemlerinden birisidir. Kamuoyundaki genel kanı, gezinen tavukların daha sağlıklı ve daha
yararlı olduğu yönündedir. Ancak bu uygulamanın, ticari bakımdan tartışılacak yönleri olduğu
kadar, insan ve hayvan sağlığı açısından önemli sonuçları vardır. Broiler bağırsak mikrobiyomunun
kompozisyonu, genelde hayvanın fizyolojik dengesinin, performansının, bağışıklık gücünün ve
hastalıklara direncinin bir göstergesidir (1,2,3). Ticari broilerlerin sahip olduğu mikrobiyom gibi,
“free-range” tavukların da yaşadıkları çevreden kaynaklanan bir bağırsak mikrobiyomu vardır.
Bağırsak mikrobiyomunun genelde sağlıklı hayvan, dolayısıyla sağlıklı gıdanın göstergesi
olması temelinden yola çıkarak, ticari broiler bağırsak mikrobiyomunun “free-range” tavuklarla
karşılaştırılması amaçlandı.
Materyal ve Metod
Özel bir infeksiyondan kaynaklanan sağlık sorunları bulunmayan broilerlerden kesim
aşamasında sekum içerikleri toplandı. Sekum içerikleri fiziksel olarak hazırlandıktan sonra total
DNA ekstraksiyonu yapıldı. Bu örnekler 16S metagenomik kit ile PCR amplifikasyonundan
sonra Ion Torrent yeni nesil sekans sistemine yüklendi ve 16S rDNA dizileri okundu. Dizilerin
metagenomik analizi Ion Reporter programı ile minimal 150 baz ve 10 tekrar okuma eşiğine
göre yapıldı. Operasyonel taksonomik üniteler (OTU) %97 ve %99 (+0.2) homoloji sınırı içinde
haritalandırılmış okumalara belirlendi. Free-range tavuklara ait 35 mikrobiyom datası 16S rDNA
mikrobiyal profil analizinden sağlandı (4).
Bulgular
Bu çalışmanın bulguları Ion Torrent sistemi ile okunan toplam 3.431.867 ham, 2.855.005 geçerli
ve 2.341.216 haritalandırılmış 16S rDNA dizisinden elde edildi. 16S rDNA metagenomik
621