4. Uluslararası Beyaz Et Kongresi

P 21 Genom Tabanlı Meta İlişki Analizinin Mendelci Tavuk Fenotipleri İçin
Bir Uygulaması
Burak Karacaören
Akdeniz Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Zootekni Bölümü Biyometri ve Genetik Kürsüsü,
Antalya, Türkiye
Özet
Genom tabanlı ilişki çalışmaları (GTİÇ) kullanılarak kümes hayvanlarının verimleri ile ilişkili
tekil nükleotid polymorfizmler (TNP) belirlenebilmektedir. Moleküler ıslah çalışmaları:
belirlenen TNP’leri etkin bir şekilde kullanarak ilgili fenotipler için sonraki kuşaklarda optimal
genetik ilerlemelerin elde edilmesine olanak tanıyabilir. Son zamanlarda Meta analizleri
GTİÇ için önerilmiştir. Bu çalışmada farklı tavuk ırklarına ait TNP bilgisinin meta analizi ile
birleştirilmesinin GTİÇ sonuçlarını nasıl etkilediği araştırılmıştır. Üç farklı ırka ait mendelci
fenotip ve genotipik bilgi birleştirilerek genom tabanlı meta analizi yapılmıştır. Dubleks ibik için 3.
kromozomdan (GGaluGA209654, =13.25) ve gül ibik için 7. kromozomdan (GGaluGA315264,
=24.07) genomik sinyaller bulunmuştur. Farklı ırklara ait fenotipik ve genotipik bilginin meta
analizi ile kullanılması test istatistiklerini yükseltmiş ve belirli genomik sinyalleri daha güçlü bir
şekilde ortaya çıkartmıştır.
Giriş
Genom tabanlı ilişki çalışmaları (GTİÇ) kullanılarak kümes hayvanlarının verimleri ile ilişkili
tekil nükleotid polymorfizmler (TNP) belirlenebilmektedir. Örneğin Li ve ark (2016) tavuklarda
kavgacılık davranışları ile ilgili 16 TNP’yi GTİÇ ile bulmuşlardır. Moleküler ıslah çalışmaları
(genomik seleksiyon dahil) belirlenen TNP’leri etkin bir şekilde kullanarak ilgili fenotipler için
sonraki kuşaklarda optimal genetik ilerlemelerin elde edilmesine olanak tanıyabilir (Meuwissen
ve ark, 2011).
Halen tekil TNP yöntemi GTİÇ’de en çok kullanılan istatistiksel yöntemdir (Karacaören,
2015). Bununla birlikte tekil TNP yöntemi fenotipik varyansı açıklamakta yetersiz kalmaktadır
(Manolio ve ark,. 2009). Kayıp kalıtım derecesi sorununu giderebilmek için önerilen bir yöntem:
örneklem büyüklüğünün arttırılmasıdır. Son zamanlarda Meta analizleri bu amaçla GTİÇ için
önerilmiştir (Evangeleou ve Ioannidis, 2013). Meta analizi farklı ırklara ait genotipik bilginin
birleştirilmesine olanak tanıdığı için daha güçlü istatistiksel kanıtlar ortaya koyabilmektedir.
Biz daha önce tavuklarda yapılan bir GTİÇ ile atasal ve coğrafi ilişkileri çok boyutlu ölçekleme
yöntemi ile incelemiştik (Karacaören, 2015). Bu çalışmada ise farklı tavuk ırklarına ait TNP
bilgisinin meta analizi ile birleştirilmesinin GTİÇ sonuçlarını nasıl etkilediği araştırılmıştır.
Materyal ve Metot
Üç Tavuk ırkına (Busia, Etiyopya ve Şili) ait toplam 71 tavuktan üç fenotip için (beyaz lob, gül
ve dupleks ibik) 60000 adet TNP toplanmıştır (Wragg ve ark, 2012). GenABEL (Aulchenko ve
554